Commit 8882be79 authored by Sabina Köfler's avatar Sabina Köfler
Browse files

Add images

parent 1cc84bf2
Pipeline #1689 failed with stage
in 2 minutes and 49 seconds
img/02_tma.jpg

132 Bytes

img/Untitled.png

131 Bytes

img/figure8.png

131 Bytes

img/initialisieren.png

623 Bytes | W: | H:

img/initialisieren.png

128 Bytes | W: | H:

img/initialisieren.png
img/initialisieren.png
img/initialisieren.png
img/initialisieren.png
  • 2-up
  • Swipe
  • Onion skin
img/microscope_mode.png

1.34 KB | W: | H:

img/microscope_mode.png

129 Bytes | W: | H:

img/microscope_mode.png
img/microscope_mode.png
img/microscope_mode.png
img/microscope_mode.png
  • 2-up
  • Swipe
  • Onion skin
img/modi_startup.png

11.5 KB | W: | H:

img/modi_startup.png

130 Bytes | W: | H:

img/modi_startup.png
img/modi_startup.png
img/modi_startup.png
img/modi_startup.png
  • 2-up
  • Swipe
  • Onion skin
# Checks for the presence of markdown files
echo
md=$(ls -1 *.md 2>/dev/null | wc -l)
mdown=$(ls -1 *.mdown 2>/dev/null | wc -l)
mark=$(ls -1 *.markdown 2>/dev/null | wc -l)
present=$(($md+$mdown+$mark))
if [ "$present" -eq 0 ]; then
echo -e "No markdown files detected!\n"
exit
fi
# Checks for output directory and creates one if missing
if [ ! -d PDFs ]; then
mkdir PDFs
echo -e "Output folder created.\n"
else
echo -e "Selecting existing output folder.\n"
fi
# Finds and prints the total number of files to be compiled
files=$(ls -p | grep -v / | wc -l)
unread=$(ls -p PDFs/ | grep -v / | wc -l)
total=$((files-unread))
count=0
echo -e "Found $total files to convert\n"
# Asks user for the LaTeX engine to be used
echo -e "LaTeX engines\n------------\n"
PS3=$'\n'"Please choose a LaTeX engine: "
select option in pdflatex lualatex xelatex
do
case $option in
pdflatex)
echo -e "\npdflatex engine selected";;
lualatex)
echo -e "\nlualatex engine selected";;
xelatex)
echo -e "\nxelatex";;
*)
echo "Please choose an option";;
esac
break
done
echo
# Allows user to add custom LaTeX variables
echo -n "Would you like to add any LaTeX details(e.g. --variable mainfont:\"Gill Sans\")?: "
read variable
# Compiles documents
echo -e "\nBeginning conversion...\n"
find . -iname "*.mdown" | while read -r i; do
y="$i"
x="${y%.*}"
z="${x##*/}"
if [ ! -f ./PDFs/"$z".pdf ]; then
pandoc -f markdown "$i" --latex-engine=$option --variable font-family:sans-serif $variable -o ./PDFs/"$z".pdf
((count++))
echo $count/$total compiled.
fi
done
echo -e "\nAll files complete!"
B% Options for packages loaded elsewhere B% Options for packages loaded elsewhere
# Quick Start Guide Pannoramic SCAN II
## Prinzip
Das Pannoramic SCAN II wurde entwickelt, um biologische Proben und Präparate (typischerweise histologische Schnitte) mit Hilfe von Durchlicht zu digitalisieren.
![Alt text](../img/8.jpg "Der Scanner")
Der Scanner kann in zwei Modi verwendet werden:
* Microscope mode (um einzelne Slides zu scannen)
* Planner Mode (um ganze Trays bzw. mehrere Trays zu scannen)
### Spezifikationen
Der Scanner kann mit Objektträger und Deckgläsern verwenden, die den folgenden Spezifikationen entsprechen:
|| Objektträger | Eindeckgläser |
|--------------|-----------|------------|
| Länge |75,0 bis 76,0 mm | max. 50 mm |
| Breite | 25,0 bis 26,0 mm | max. 24 mm (empfohlen: 22 mm) |
| Dicke |0,90 bis 1,2 mm|Nr. 1 und Nr. 1,5 (0,13 bis 0,16 mm und 0,16 bis 0,19 mm)|
|Ecken|45° abgeschrägte Ecken|
|Kanten|Geschliffen oder geschnitten|
Mit Folien eingedeckte Slides können auch benutzt werden.
Mit Lack eingedeckte Slides dürfen NICHT benutzt werden. Das ist zwar grundsätzlich möglich, aber dazu müsste das Gerät neu eingestellt werden. Bei Bedarf bitte mit Sabina Köfler absprechen.
### Allgemeines
Bei HE Färbung ist der Kontrast sehr gut und es muss kaum manuell nachjustiert werde.
Bei IHC Slides ist der Kontrast schlechter. Diese Slides benötigen deshalb mehr manuellen Eingriff.
### Vorbereitung
Beim Aufziehen des Schnittes auf den Objektträger darauf achten, dass am linken Rand etwas Abstand zum Objekt ist, da der Objektträger dort in der Schiene liegt und dadurch ein Teil des Objektträgers von dieser verdeckt wird.
## Inbetriebnahme
### Erste Schritte
Scanner und PC können unabhängig voneinander laufen, der Scanner muss aber jedenfalls vor dem Starten der Software eingeschaltet werden.
1. Software starten
2. Modus wählen → Microscope mode/Planner mode/Settings (Symbole) ![Alt text](../img/modi_startup.png "Modus wählen")
3. Mikroskop initialisieren (3 Button von oben links)
![Alt text](../img/initialisieren.png "Initialisieren")
4. Scanprofil wählen (z.B. 20x H&E)
Linker Schacht zum Beladen, rechter Schacht zum Entladen.
Vor dem Einsetzen der Objektträger müssen diese auf Kompatibilität überprüft werden. Dazu mit dem Tool aus Edelstahl Höhe, Breite und Dicke (ohne Deckglas) abmessen.
![Alt text](../img/5.jpg "Das Tool zum Abmessen der Slides")
**Alles im Grünen Bereich? OK**
Kassette von rechts nach links beladen. Richtung der Beschriftung beachten.
Die Reihenfolge im SlideManager Control Display ist von links nach rechts, aber in der Kassette ist das erste Slide jenes, das sich ganz rechts befindet.
Nach erfolgreichem Scannen wird im SlideViewer angeschaut.
### Arbeiten im Microscope mode
Linke Seite → Menü für Scanner
z-Stack Option (Extended focus kombiniert die einzelnen Bilder zu einem Gesamtbild → Achtung: Informationsverlust)
Step size = 0.2 µm (x Wert im Feld) → das ist der Abstand zwischen den aufgenommen Ebenen des z-Stacks.
Rund um Preview gibt es einige Einstellmöglichkeiten z.B. Automatic Threshold (um Gewebe zu erkennen, etc.) oder Rahmen um das Gewebe herum das mitgescannt wird.
Option: Scan separately (standardmäßig deaktiviert) ev. für Prostatabiopsien nötig → alle Objekte auf dem Objektträger werden einzeln durchnumeriert.
### Arbeiten im Planner mode
Rechts oben **+** oder **–** um einzelne Racks hinzuzufügen oder zu löschen.
Range to skip angeben (die Slots im Rack die nicht belegt sind) → mit **+** bestätigen.
Rechts unten im blau-türkisen Rechteck gehts zum Microscope mode.
Multi View Toolbox
### Arbeiten in Verbindung mit TMA Grand Master
Im SlideViewer annotieren:
→ Annotations → TMA Tools → Farbe entspricht der Farbcodierung der Bohrer
## Logbucheintragungen
Bitte jede Benutzung im aufliegenden Formular eintragen.
## Reinigung
### Reinigung der Werkzeuge
Durch Wärme oder Wachsentfernungsmittel (wird erst noch definiert)
## Wartung
### Kontakt
Das Gerät wird von der Fa. Sanova gewartet. Im Falle eines auftretenden Problems bitte umgehend Sabina Köfler kontaktieren.
## Troubleshooting
Um den Gehäusedeckel zu öffnen, die vier Schrauben am Gehäuseboden lockern.
Wenn Scanner Fehlermedung auftritt Steckverbindungen überprüfen.
## Anhang
### Hilfe
Das komplette Handbuch auf Englisch ist direkt über die Software aufrufbar.
Profile können erstellt werden um Objektiv auszuwählen und Voreinstellungen zu speichern.
7 Layer werden in der MRXS Datei gespeichert.
...@@ -7,7 +7,7 @@ ...@@ -7,7 +7,7 @@
## Prinzip ## Prinzip
Mit dem TMA Grand Master können einfach und schnell TMA-Blöcke aus Gewebekernen von 0.6, 1, 1.5 und 2 mm Durchmesser hergestellt werden. Optional kann das Gerät auch Gewebeproben in Standard 0.2 ml PCR-Gefäße extrahieren. Mit dem TMA Grand Master können einfach und schnell TMA-Blöcke aus Gewebekernen von 0.6, 1, 1.5 und 2 mm Durchmesser hergestellt werden. Optional kann das Gerät auch Gewebeproben in Standard 0.2 ml PCR-Gefäße extrahieren.
<img src="../img/" alt="Der Tissue Micro Arrayer" width="800"> <img src="../img/02_tma.jpg" alt="Der Tissue Micro Arrayer" width="800">
Zwei Arbeitsweisen sind möglich: Zwei Arbeitsweisen sind möglich:
- Lege alle (max. 60) Spenderblöcke ein, markiere die Punktionspositionen und lass das Gerät dann laufen. - Lege alle (max. 60) Spenderblöcke ein, markiere die Punktionspositionen und lass das Gerät dann laufen.
...@@ -66,6 +66,8 @@ Es können während des Betriebs laufend neue Cores definiert und hinzugefügt w ...@@ -66,6 +66,8 @@ Es können während des Betriebs laufend neue Cores definiert und hinzugefügt w
### Werkzeug wechseln ### Werkzeug wechseln
#### Bohrer wechseln #### Bohrer wechseln
<img src="../img/(82) Mit Zeigefinger oben festhalten, unten drehen.jpg " alt="Der Tissue Micro Arrayer" width="800">
1. Falls ein Projekt offen ist, dieses Schließen. 1. Falls ein Projekt offen ist, dieses Schließen.
2. In der Software ganz oben beim Werkzeugsymbol klicken 2. In der Software ganz oben beim Werkzeugsymbol klicken
3. Pop-up erschient in dem der Prozess erklärt wird 3. Pop-up erschient in dem der Prozess erklärt wird
......
function Strong(elem)
return pandoc.Emph(elem.content)
end
\ No newline at end of file
-- inputstr = "TOC"
-- outputstr = "HALLO"
-- filter this: Para [ Str "[[" , Emph [ Str "TOC" ] , Str "]]" ]
--[[ return {
{
Para = function (para)
-- if para.content == {pandoc.Space, pandoc.Str':', pandoc.Space} then
if pandoc.Str:match "TOC" then
return para
-- return pandoc.Para {pandoc.Str 'tableofcontents'}
else
return pandoc.Para {pandoc.Str 'No Match'}
end
end,
}
} ]]
--[[ original_string = "{[}{[}\\emph{TOC}{]}{]}"
]]
return {
{
Str = function (elem)
-- if elem.text:match "[%[%{%]%}%}]" then -- matches {]}{]}
if elem.text:match "TOC" then
--return pandoc.Str("foo")
return {
pandoc.RawInline('latex', '\\tableofcontents')
}
end
end,
}
}
--[[ return {
{
RawInline = function (raw)
local formula = raw.text:match '\\ce{([^ ]+)}'
if raw.format == 'latex' and formula then
return pandoc.Str('NO3')
end
end
}
} ]]
--[[
return {
{
Str = function Str (elem)
if elem.text:match "TOC" then
-- Surround all images with image-centering raw LaTeX.
return {
pandoc.RawInline('latex', '\\hfill\\break{\\centering'),
elem,
pandoc.RawInline('latex', '\\par}')
}
end
end ]]
\ No newline at end of file
# Quick Start Guide Pannoramic SCAN II
## Inhalt
[[_TOC_]]
Supports Markdown
0% or .
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment