Commit 74ae9ed7 authored by Sabina Köfler's avatar Sabina Köfler
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## Prinzip ## Prinzip
Das Pannoramic SCAN II wurde entwickelt, um biologische Proben und Präparate (typischerweise histologische Schnitte) mit Hilfe von Durchlicht zu digitalisieren. Der Pannoramic SCAN II wurde entwickelt, um biologische Proben und Präparate (typischerweise histologische Schnitte) mit Hilfe von Durchlicht zu digitalisieren.
![Alt text](../img/8.jpg "Der Scanner") <img src="../img/8.jpg" alt="Der Scanner" width="800"/>
Der Scanner kann in zwei Modi verwendet werden: Der Scanner kann in zwei Modi verwendet werden:
* Microscope mode (um einzelne Slides zu scannen) * Microscope mode (um einzelne Slides zu scannen)
* Planner Mode (um ganze Trays bzw. mehrere Trays zu scannen) * Planner Mode (um ganze Trays bzw. mehrere Trays zu scannen)
### Spezifikationen ### Spezifikationen
Der Scanner kann mit Objektträger und Deckgläsern verwenden, die den folgenden Spezifikationen entsprechen: Der Scanner kann mit Objektträger und Deckgläsern verwendet werden, die den folgenden Spezifikationen entsprechen:
|| Objektträger | Eindeckgläser | || Objektträger | Eindeckgläser |
|--------------|-----------|------------| |--------------|-----------|------------|
...@@ -24,14 +24,24 @@ Der Scanner kann mit Objektträger und Deckgläsern verwenden, die den folgenden ...@@ -24,14 +24,24 @@ Der Scanner kann mit Objektträger und Deckgläsern verwenden, die den folgenden
|Kanten|Geschliffen oder geschnitten| |Kanten|Geschliffen oder geschnitten|
Mit Folien eingedeckte Slides können auch benutzt werden. Mit Folien eingedeckte Slides können auch benutzt werden.
Mit Lack eingedeckte Slides dürfen NICHT benutzt werden. Das ist zwar grundsätzlich möglich, aber dazu müsste das Gerät neu eingestellt werden. Bei Bedarf bitte mit Sabina Köfler absprechen. Mit Lack eingedeckte Slides dürfen NICHT benutzt werden. Das ist zwar grundsätzlich möglich, aber dazu müsste das Gerät neu eingestellt werden. Bei Bedarf bitte mit Sabina Köfler absprechen.
### Allgemeines ### Allgemeines
Bei HE Färbung ist der Kontrast sehr gut und es muss kaum manuell nachjustiert werde. Bei HE Färbung ist der Kontrast sehr gut und es muss kaum manuell nachjustiert werde.
Bei IHC Slides ist der Kontrast schlechter. Diese Slides benötigen deshalb mehr manuellen Eingriff. Bei IHC Slides ist der Kontrast schlechter. Diese Slides benötigen deshalb mehr manuellen Eingriff.
Es gibt zwei Programme, die benutzt werden:
1. Pannoramic Scanner control software (die Software die den Scanner steuert)
2. Pannoramic Viewer software (auch **SlideViewer genannt** - zum Anschauen und Annotieren der Scans). Der SlideViewer kann auch jedem privaten Computer installiert werden (Download: https://www.3dhistech.com/research/software-downloads/)
Im SlideViewer können keine Keyboard-Shortcuts definiert werden. Es gibt nur wenige, die fest codiert sind. Eine Übersicht befindet sich in den Settings unter Keyboard -> Overview.
![Settings](../img/settings.png "Settings")
> **Wichtig**:
>
> In den Settings keine Veränderungen der Einstellungen vornehmen.
### Vorbereitung ### Vorbereitung
Beim Aufziehen des Schnittes auf den Objektträger darauf achten, dass am linken Rand etwas Abstand zum Objekt ist, da der Objektträger dort in der Schiene liegt und dadurch ein Teil des Objektträgers von dieser verdeckt wird. Beim Aufziehen des Schnittes auf den Objektträger darauf achten, dass am linken Rand etwas Abstand zum Objekt ist, da der Objektträger dort in der Schiene liegt und dadurch ein Teil des Objektträgers von dieser verdeckt wird.
...@@ -39,49 +49,85 @@ Beim Aufziehen des Schnittes auf den Objektträger darauf achten, dass am linken ...@@ -39,49 +49,85 @@ Beim Aufziehen des Schnittes auf den Objektträger darauf achten, dass am linken
### Erste Schritte ### Erste Schritte
Scanner und PC können unabhängig voneinander laufen, der Scanner muss aber jedenfalls vor dem Starten der Software eingeschaltet werden. Scanner und PC können unabhängig voneinander laufen, der Scanner muss aber jedenfalls vor dem Starten der Software eingeschaltet werden.
1. Software starten 1. Pannoramic Scanner control software starten
2. Modus wählen → Microscope mode/Planner mode/Settings (Symbole) ![Alt text](../img/modi_startup.png "Modus wählen") 2. Modus wählen → Microscope mode/Planner mode/Settings (Symbole)
3. Mikroskop initialisieren (3 Button von oben links)
![Alt text](../img/initialisieren.png "Initialisieren") <img src="../img/modi_startup.png" alt="Modus wählen" width="300"/>
4. Scanprofil wählen (z.B. 20x H&E) <!-- insert screenshot -->
3. Mikroskop initialisieren (3. Button von oben links)
![Initialisieren](../img/initialize_new02.png "Initialisieren")
4. Scanprofil wählen (z.B. 20x H&E)
* Es kann entweder aus den vorhandenen Profilen eines ausgewählt werden, oder * Es kann entweder aus den vorhandenen Profilen eines ausgewählt werden, oder
* es kann das Profil eines bereits gescannten Slides verwendet werden * es kann das Profil eines bereits gescannten Slides verwendet werden
<!-- insert screenshot -->
<!-- ![Alt text](../img/screenshots/ "Initialisieren") -->
![Profil öffnen](../img/open_profile.png "Profil öffnen")
![Profil auswählen](../img/open_profile02.png "Profil auswählen")
5. Slide(s) laden
* Linker Schacht zum Beladen, rechter Schacht zum Entladen.
* Vor dem Einsetzen der Objektträger müssen diese auf Kompatibilität überprüft werden. Dazu mit dem Tool aus Edelstahl Höhe, Breite und Dicke (ohne Deckglas) abmessen.
<img src="../img/5.jpg" alt="Das Tool zum Abmessen der Slides" width="400"/>
**Alles im Grünen Bereich? OK**
* Kassette von rechts nach links beladen. Richtung der Beschriftung beachten. Seitlich am Magazin befindet sich ein Hinweis wie die Slides eingelegt werden müssen.
Linker Schacht zum Beladen, rechter Schacht zum Entladen. 6. Slide Control Display öffnen
Vor dem Einsetzen der Objektträger müssen diese auf Kompatibilität überprüft werden. Dazu mit dem Tool aus Edelstahl Höhe, Breite und Dicke (ohne Deckglas) abmessen.
![Alt text](../img/5.jpg "Das Tool zum Abmessen der Slides")
**Alles im Grünen Bereich? OK**
Kassette von rechts nach links beladen. Richtung der Beschriftung beachten. ![Slide Control Display öffnen](../img/slide_control.png "Slide Control Display öffnen")
Die Reihenfolge im SlideManager Control Display ist von links nach rechts, aber in der Kassette ist das erste Slide jenes, das sich ganz rechts befindet. Die Reihenfolge im SlideManager Control Display ist von links nach rechts, aber in der Kassette ist das erste Slide jenes, das sich ganz rechts befindet.
Nach erfolgreichem Scannen wird im SlideViewer angeschaut.
### Arbeiten im Microscope mode ### Arbeiten im Microscope mode
Linke Seite → Menü für Scanner Linke Seite → Menü für Scanner
z-Stack Option (Extended focus kombiniert die einzelnen Bilder zu einem Gesamtbild → Achtung: Informationsverlust)
Option: Scan separately (standardmäßig deaktiviert) ev. für Prostatabiopsien nötig → alle Objekte auf dem Objektträger werden einzeln durchnumeriert.
Nach erfolgreichem Scannen erscheint rechts oben ein Link zum Scan. Mit Klick auf den Link wird der Scan im SlideViewer geöffnet.
#### z-Stack
z-Stack Option "Extended focus" kombiniert die einzelnen Bilder zu einem Gesamtbild → **Achtung: Informationsverlust**
Step size = 0.2 µm (x Wert im Feld) → das ist der Abstand zwischen den aufgenommen Ebenen des z-Stacks. Step size = 0.2 µm (x Wert im Feld) → das ist der Abstand zwischen den aufgenommen Ebenen des z-Stacks.
Rund um Preview gibt es einige Einstellmöglichkeiten z.B. Automatic Threshold (um Gewebe zu erkennen, etc.) oder Rahmen um das Gewebe herum das mitgescannt wird. Wenn du z. B. 5 Levels einstellst, werden die Ausgangsebene (aktuelle Ebene) plus vier (zwei Fokusebenen daüber und darunter) erfasst.
Daher ist es ratsam, eine ungerade Zahl für die Fokusebenen zu wählen.
Option: Scan separately (standardmäßig deaktiviert) ev. für Prostatabiopsien nötig → alle Objekte auf dem Objektträger werden einzeln durchnumeriert. Wenn man weiß, die dick der Schnitt ist, kann man sich die maximale Anzahl der Fokusebenen (Levels) ausrechnen:
d = Dicke des Schnittes (z.B. 2 µm)
$0.2*x$ = Step size (min. 0.2 µm)
n = Anzahl der möglichen Fokusebenen (Levels)
$ n = \frac{d}{0.2 \cdot x} $
Oder umgekehrt:
Wenn man weiß wieviele Fokusebenen (n) man aufnehmen will, kann man sich den Faktor x ausrechnen mit dem man die Step size multiplizieren muss:
$ x = \frac{d}{n \cdot 0.2 \cdot x} $
Bei 5 Fokusebenen ist der Faktor x also 2.
#### Das Previewfenster
Rund um das Previewfenster gibt es einige Einstellmöglichkeiten z.B. Automatic Threshold (um Gewebe zu erkennen, etc.) oder Rahmen um das Gewebe herum das mitgescannt wird.
### Arbeiten im Planner mode ### Arbeiten im Planner mode
Rechts oben **+** oder **–** um einzelne Racks hinzuzufügen oder zu löschen. Rechts oben **+** oder **–** um einzelne Racks hinzuzufügen oder zu löschen.
Range to skip angeben (die Slots im Rack die nicht belegt sind) → mit **+** bestätigen. Range to skip angeben (die Slots im Rack die nicht belegt sind) → mit **+** bestätigen.
Rechts unten im blau-türkisen Rechteck gehts zum Microscope mode. Rechts unten im blau-türkisen Rechteck gehts zum Microscope mode.
Multi View Toolbox Multi View Toolbox
### Arbeiten im SlideViewer
Im SlideViewer können Annotationen mit unterschiedlichen Werkzeugen gemacht werden.
Diese sind ziemlich selbsterklärend, nur zur Benutzung des "Closed Polygon" Werkzeugs muss gesagt werden, dass Polygone mit einem Rechtsklick geschlossen werden können.
Annotationen können durch einen Klick auf ihr (gelbes) Label ausgewählt werden.
Beim Export von Annotationen darauf Achten, dass nur die ausgewählte(n) Annotation(en) exportiert wird/werden. Mit Strg + A können alle augwählt werden.
### Arbeiten in Verbindung mit TMA Grand Master ### Arbeiten in Verbindung mit TMA Grand Master
Im SlideViewer annotieren: TMA Cores können im SlideViewer annotiert werden um sie dann im TMA Grand Master als Vorlage zur Erstellung der tatsächlichen Cores zu nutzen:
→ Annotations → TMA Tools → Farbe entspricht der Farbcodierung der Bohrer → Annotations → TMA Tools → Farbe entspricht der Farbcodierung der Bohrer
## Logbucheintragungen ## Logbucheintragungen
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