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quick-start-guides/quick-start-guide-pannoramic-scan-ii.md

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 ## Prinzip
 Das Pannoramic SCAN II wurde entwickelt, um biologische Proben und Präparate (typischerweise histologische Schnitte) mit Hilfe von Durchlicht zu digitalisieren.
 
-![Alt text](img/8.jpg "Der Scanner")
+![Alt text](../img/8.jpg "Der Scanner")
 
 Der Scanner kann in zwei Modi verwendet werden:
 * Microscope mode (um einzelne Slides zu scannen)
@@ -59,11 +59,11 @@ Nach erfolgreichem Scannen wird im SlideViewer angeschaut.
 Linke Seite → Menü für Scanner
 z-Stack Option (Extended focus kombiniert die einzelnen Bilder zu einem Gesamtbild →  Achtung: Informationsverlust)
 
-Step size = 0.2 µm (x Wert im Feld) → das ist der Abstand zwischen den aufgenommen Ebenen des z-Stacks
+Step size = 0.2 µm (x Wert im Feld) → das ist der Abstand zwischen den aufgenommen Ebenen des z-Stacks.
 
-Rund um Preview gibt es einige Einstellmöglichkeiten z.B. Automatic Threshold (um Gewebe zu erkennen, etc.) oder Rahmen um das Gewebe herum das mitgescannt wird
+Rund um Preview gibt es einige Einstellmöglichkeiten z.B. Automatic Threshold (um Gewebe zu erkennen, etc.) oder Rahmen um das Gewebe herum das mitgescannt wird.
 
-Option: Scan separately (standardmäßig deaktiviert) ev. Für Prostatabiopsien nötig → alle Objekte auf dem Objektträger werden einzeln durchnumeriert
+Option: Scan separately (standardmäßig deaktiviert) ev. für Prostatabiopsien nötig → alle Objekte auf dem Objektträger werden einzeln durchnumeriert.
 
 ### Arbeiten im Planner mode
 Rechts oben **+** oder **–** um einzelne Racks hinzuzufügen oder zu löschen.

quick-start-guides/test.tex

+% Options for packages loaded elsewhere
+\PassOptionsToPackage{unicode}{hyperref}
+\PassOptionsToPackage{hyphens}{url}
+%
+\documentclass[
+]{article}
+\usepackage{amsmath,amssymb}
+\usepackage{lmodern}
+\usepackage{iftex}
+\ifPDFTeX
+  \usepackage[T1]{fontenc}
+  \usepackage[utf8]{inputenc}
+  \usepackage{textcomp} % provide euro and other symbols
+\else % if luatex or xetex
+  \usepackage{unicode-math}
+  \defaultfontfeatures{Scale=MatchLowercase}
+  \defaultfontfeatures[\rmfamily]{Ligatures=TeX,Scale=1}
+\fi
+% Use upquote if available, for straight quotes in verbatim environments
+\IfFileExists{upquote.sty}{\usepackage{upquote}}{}
+\IfFileExists{microtype.sty}{% use microtype if available
+  \usepackage[]{microtype}
+  \UseMicrotypeSet[protrusion]{basicmath} % disable protrusion for tt fonts
+}{}
+\makeatletter
+\@ifundefined{KOMAClassName}{% if non-KOMA class
+  \IfFileExists{parskip.sty}{%
+    \usepackage{parskip}
+  }{% else
+    \setlength{\parindent}{0pt}
+    \setlength{\parskip}{6pt plus 2pt minus 1pt}}
+}{% if KOMA class
+  \KOMAoptions{parskip=half}}
+\makeatother
+\usepackage{xcolor}
+\IfFileExists{xurl.sty}{\usepackage{xurl}}{} % add URL line breaks if available
+\IfFileExists{bookmark.sty}{\usepackage{bookmark}}{\usepackage{hyperref}}
+\hypersetup{
+  hidelinks,
+  pdfcreator={LaTeX via pandoc}}
+\urlstyle{same} % disable monospaced font for URLs
+\usepackage{longtable,booktabs,array}
+\usepackage{calc} % for calculating minipage widths
+% Correct order of tables after \paragraph or \subparagraph
+\usepackage{etoolbox}
+\makeatletter
+\patchcmd\longtable{\par}{\if@noskipsec\mbox{}\fi\par}{}{}
+\makeatother
+% Allow footnotes in longtable head/foot
+\IfFileExists{footnotehyper.sty}{\usepackage{footnotehyper}}{\usepackage{footnote}}
+\makesavenoteenv{longtable}
+\usepackage{graphicx}
+\makeatletter
+\def\maxwidth{\ifdim\Gin@nat@width>\linewidth\linewidth\else\Gin@nat@width\fi}
+\def\maxheight{\ifdim\Gin@nat@height>\textheight\textheight\else\Gin@nat@height\fi}
+\makeatother
+% Scale images if necessary, so that they will not overflow the page
+% margins by default, and it is still possible to overwrite the defaults
+% using explicit options in \includegraphics[width, height, ...]{}
+\setkeys{Gin}{width=\maxwidth,height=\maxheight,keepaspectratio}
+% Set default figure placement to htbp
+\makeatletter
+\def\fps@figure{htbp}
+\makeatother
+\setlength{\emergencystretch}{3em} % prevent overfull lines
+\providecommand{\tightlist}{%
+  \setlength{\itemsep}{0pt}\setlength{\parskip}{0pt}}
+\setcounter{secnumdepth}{-\maxdimen} % remove section numbering
+\ifLuaTeX
+  \usepackage{selnolig}  % disable illegal ligatures
+\fi
+
+\author{}
+\date{}
+
+\begin{document}
+
+\hypertarget{quick-start-guide-pannoramic-scan-ii}{%
+\section{Quick Start Guide Pannoramic SCAN
+II}\label{quick-start-guide-pannoramic-scan-ii}}
+
+\hypertarget{inhalt}{%
+\subsection{Inhalt}\label{inhalt}}
+
+{[}{[}\emph{TOC}{]}{]}
+
+\hypertarget{prinzip}{%
+\subsection{Prinzip}\label{prinzip}}
+
+Das Pannoramic SCAN II wurde entwickelt, um biologische Proben und
+Präparate (typischerweise histologische Schnitte) mit Hilfe von
+Durchlicht zu digitalisieren.
+
+\begin{figure}
+\centering
+\includegraphics{img/8.jpg}
+\caption{Alt text}
+\end{figure}
+
+Der Scanner kann in zwei Modi verwendet werden: * Microscope mode (um
+einzelne Slides zu scannen) * Planner Mode (um ganze Trays bzw. mehrere
+Trays zu scannen)
+
+\hypertarget{spezifikationen}{%
+\subsubsection{Spezifikationen}\label{spezifikationen}}
+
+Der Scanner kann mit Objektträger und Deckgläsern verwenden, die den
+folgenden Spezifikationen entsprechen:
+
+\begin{longtable}[]{@{}
+  >{\raggedright\arraybackslash}p{(\columnwidth - 4\tabcolsep) * \real{0.3784}}
+  >{\raggedright\arraybackslash}p{(\columnwidth - 4\tabcolsep) * \real{0.2973}}
+  >{\raggedright\arraybackslash}p{(\columnwidth - 4\tabcolsep) * \real{0.3243}}@{}}
+\toprule
+\begin{minipage}[b]{\linewidth}\raggedright
+\end{minipage} & \begin{minipage}[b]{\linewidth}\raggedright
+Objektträger
+\end{minipage} & \begin{minipage}[b]{\linewidth}\raggedright
+Eindeckgläser
+\end{minipage} \\
+\midrule
+\endhead
+Länge & 75,0 bis 76,0 mm & max. 50 mm \\
+Breite & 25,0 bis 26,0 mm & max. 24 mm (empfohlen: 22 mm) \\
+Dicke & 0,90 bis 1,2 mm & Nr. 1 und Nr. 1,5 (0,13 bis 0,16 mm und 0,16
+bis 0,19 mm) \\
+Ecken & 45° abgeschrägte Ecken & \\
+Kanten & Geschliffen oder geschnitten & \\
+\bottomrule
+\end{longtable}
+
+Mit Folien eingedeckte Slides können auch benutzt werden.
+
+Mit Lack eingedeckte Slides dürfen NICHT benutzt werden. Das ist zwar
+grundsätzlich möglich, aber dazu müsste das Gerät neu eingestellt
+werden. Bei Bedarf bitte mit Sabina Köfler absprechen.
+
+\hypertarget{allgemeines}{%
+\subsubsection{Allgemeines}\label{allgemeines}}
+
+Bei HE Färbung ist der Kontrast sehr gut und es muss kaum manuell
+nachjustiert werde.
+
+Bei IHC Slides ist der Kontrast schlechter. Diese Slides benötigen
+deshalb mehr manuellen Eingriff.
+
+\hypertarget{vorbereitung}{%
+\subsubsection{Vorbereitung}\label{vorbereitung}}
+
+Beim Aufziehen des Schnittes auf den Objektträger darauf achten, dass am
+linken Rand etwas Abstand zum Objekt ist, da der Objektträger dort in
+der Schiene liegt und dadurch ein Teil des Objektträgers von dieser
+verdeckt wird.
+
+\hypertarget{inbetriebnahme}{%
+\subsection{Inbetriebnahme}\label{inbetriebnahme}}
+
+\hypertarget{erste-schritte}{%
+\subsubsection{Erste Schritte}\label{erste-schritte}}
+
+Scanner und PC können unabhängig voneinander laufen, der Scanner muss
+aber jedenfalls vor dem Starten der Software eingeschaltet werden. 1.
+Software starten 2. Modus wählen → Microscope mode/Planner mode/Settings
+(Symbole) \includegraphics{img/modi_startup.png} 3. Mikroskop
+initialisieren (3 Button von oben links)
+\includegraphics{img/initialisieren.png} 4. Scanprofil wählen (z.B. 20x
+H\&E)
+
+Linker Schacht zum Beladen, rechter Schacht zum Entladen. Vor dem
+Einsetzen der Objektträger müssen diese auf Kompatibilität überprüft
+werden. Dazu mit dem Tool aus Edelstahl Höhe, Breite und Dicke (ohne
+Deckglas) abmessen. \includegraphics{img/5.jpg} \textbf{Alles im Grünen
+Bereich? OK}
+
+Kassette von rechts nach links beladen. Richtung der Beschriftung
+beachten. Die Reihenfolge im SlideManager Control Display ist von links
+nach rechts, aber in der Kassette ist das erste Slide jenes, das sich
+ganz rechts befindet.
+
+Nach erfolgreichem Scannen wird im SlideViewer angeschaut.
+
+\hypertarget{arbeiten-im-microscope-mode}{%
+\subsubsection{Arbeiten im Microscope
+mode}\label{arbeiten-im-microscope-mode}}
+
+Linke Seite → Menü für Scanner z-Stack Option (Extended focus kombiniert
+die einzelnen Bilder zu einem Gesamtbild → Achtung: Informationsverlust)
+
+Step size = 0.2 µm (x Wert im Feld) → das ist der Abstand zwischen den
+aufgenommen Ebenen des z-Stacks
+
+Rund um Preview gibt es einige Einstellmöglichkeiten z.B. Automatic
+Threshold (um Gewebe zu erkennen, etc.) oder Rahmen um das Gewebe herum
+das mitgescannt wird
+
+Option: Scan separately (standardmäßig deaktiviert) ev. Für
+Prostatabiopsien nötig → alle Objekte auf dem Objektträger werden
+einzeln durchnumeriert
+
+\hypertarget{arbeiten-im-planner-mode}{%
+\subsubsection{Arbeiten im Planner
+mode}\label{arbeiten-im-planner-mode}}
+
+Rechts oben \textbf{+} oder \textbf{--} um einzelne Racks hinzuzufügen
+oder zu löschen.
+
+Range to skip angeben (die Slots im Rack die nicht belegt sind) → mit
+\textbf{+} bestätigen.
+
+Rechts unten im blau-türkisen Rechteck gehts zum Microscope mode.
+
+Multi View Toolbox
+
+\hypertarget{arbeiten-in-verbindung-mit-tma-grand-master}{%
+\subsubsection{Arbeiten in Verbindung mit TMA Grand
+Master}\label{arbeiten-in-verbindung-mit-tma-grand-master}}
+
+Im SlideViewer annotieren: → Annotations → TMA Tools → Farbe entspricht
+der Farbcodierung der Bohrer
+
+\hypertarget{logbucheintragungen}{%
+\subsection{Logbucheintragungen}\label{logbucheintragungen}}
+
+Bitte jede Benutzung im aufliegenden Formular eintragen.
+
+\hypertarget{reinigung}{%
+\subsection{Reinigung}\label{reinigung}}
+
+\hypertarget{reinigung-der-werkzeuge}{%
+\subsubsection{Reinigung der Werkzeuge}\label{reinigung-der-werkzeuge}}
+
+Durch Wärme oder Wachsentfernungsmittel (wird erst noch definiert)
+
+\hypertarget{wartung}{%
+\subsection{Wartung}\label{wartung}}
+
+\hypertarget{kontakt}{%
+\subsubsection{Kontakt}\label{kontakt}}
+
+Das Gerät wird von der Fa. Sanova gewartet. Im Falle eines auftretenden
+Problems bitte umgehend Sabina Köfler kontaktieren.
+
+\hypertarget{troubleshooting}{%
+\subsection{Troubleshooting}\label{troubleshooting}}
+
+Um den Gehäusedeckel zu öffnen, die vier Schrauben am Gehäuseboden
+lockern. Wenn Scanner Fehlermedung auftritt Steckverbindungen
+überprüfen.
+
+\hypertarget{anhang}{%
+\subsection{Anhang}\label{anhang}}
+
+\hypertarget{hilfe}{%
+\subsubsection{Hilfe}\label{hilfe}}
+
+Das komplette Handbuch auf Englisch ist direkt über die Software
+aufrufbar.
+
+Profile können erstellt werden um Objektiv auszuwählen und
+Voreinstellungen zu speichern. 7 Layer werden in der MRXS Datei
+gespeichert.
+
+\end{document}