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## Prinzip ## Prinzip
Der Pannoramic SCAN II wurde entwickelt, um biologische Proben und Präparate (typischerweise histologische Schnitte) mit Hilfe von Durchlicht zu digitalisieren. Der Pannoramic SCAN II wurde entwickelt, um biologische Proben und Präparate (typischerweise histologische Schnitte) mithilfe von Durchlicht zu digitalisieren.
<img src="../img/01_scanner.png" alt="Der Scanner" width="800"/> <img src="../img/01_scanner.png" alt="Der Scanner" width="800"/>
...@@ -15,13 +15,13 @@ Der Scanner kann in zwei Modi verwendet werden: ...@@ -15,13 +15,13 @@ Der Scanner kann in zwei Modi verwendet werden:
Der Scanner kann mit Objektträger und Deckgläsern verwendet werden, die den folgenden Spezifikationen entsprechen: Der Scanner kann mit Objektträger und Deckgläsern verwendet werden, die den folgenden Spezifikationen entsprechen:
|| Objektträger | Eindeckgläser | | | Objektträger | Eindeckgläser |
|--------------|-----------|------------| |--------|------------------------------|-----------------------------------------------------------|
| Länge |75,0 bis 76,0 mm | max. 50 mm | | Länge | 75,0 bis 76,0 mm | max. 50 mm |
| Breite | 25,0 bis 26,0 mm | max. 24 mm (empfohlen: 22 mm) | | Breite | 25,0 bis 26,0 mm | max. 24 mm (empfohlen: 22 mm) |
| Dicke |0,90 bis 1,2 mm|Nr. 1 und Nr. 1,5 (0,13 bis 0,16 mm und 0,16 bis 0,19 mm)| | Dicke | 0,90 bis 1,2 mm | Nr. 1 und Nr. 1,5 (0,13 bis 0,16 mm und 0,16 bis 0,19 mm) |
|Ecken|45° abgeschrägte Ecken| | Ecken | 45° abgeschrägte Ecken |
|Kanten|Geschliffen oder geschnitten| | Kanten | Geschliffen oder geschnitten |
Mit Folien eingedeckte Slides können auch benutzt werden. Mit Folien eingedeckte Slides können auch benutzt werden.
Mit Lack eingedeckte Slides dürfen NICHT benutzt werden. Das ist zwar grundsätzlich möglich, aber dazu müsste das Gerät neu eingestellt werden. Bei Bedarf bitte mit Sabina Köfler absprechen. Mit Lack eingedeckte Slides dürfen NICHT benutzt werden. Das ist zwar grundsätzlich möglich, aber dazu müsste das Gerät neu eingestellt werden. Bei Bedarf bitte mit Sabina Köfler absprechen.
...@@ -86,7 +86,7 @@ Scanner und PC können unabhängig voneinander laufen, der Scanner muss aber jed ...@@ -86,7 +86,7 @@ Scanner und PC können unabhängig voneinander laufen, der Scanner muss aber jed
Linke Seite → Menü für Scanner Linke Seite → Menü für Scanner
Option: Scan separately (standardmäßig deaktiviert) ev. für Prostatabiopsien nötig → alle Objekte auf dem Objektträger werden einzeln durchnumeriert. Option: Scan separately (standardmäßig deaktiviert) ev. für Prostatabiopsien nötig → alle Objekte auf dem Objektträger werden einzeln durchnummeriert.
Nach erfolgreichem Scannen erscheint rechts oben ein Link zum Scan. Mit Klick auf den Link wird der Scan im SlideViewer geöffnet. Nach erfolgreichem Scannen erscheint rechts oben ein Link zum Scan. Mit Klick auf den Link wird der Scan im SlideViewer geöffnet.
...@@ -94,9 +94,9 @@ Nach erfolgreichem Scannen erscheint rechts oben ein Link zum Scan. Mit Klick au ...@@ -94,9 +94,9 @@ Nach erfolgreichem Scannen erscheint rechts oben ein Link zum Scan. Mit Klick au
<img src="../img/focus_levels.png" alt="z-Stack aufnehmen" width="300"/> <img src="../img/focus_levels.png" alt="z-Stack aufnehmen" width="300"/>
Step size = 0.2 µm (x Wert im Feld) → das ist der Abstand zwischen den aufgenommen Ebenen des z-Stacks. Step size = 0.2 µm (x Wert im Feld) → das ist der Abstand zwischen den aufgenommenen Ebenen des z-Stacks.
Wenn du z. B. 5 Levels einstellst, werden die Ausgangsebene (aktuelle Ebene) plus vier (zwei Fokusebenen daüber und darunter) erfasst. Wenn du z. B. 5 Levels einstellst, werden die Ausgangsebene (aktuelle Ebene) plus vier (zwei Fokusebenen darüber und darunter) erfasst.
Daher ist es ratsam, eine ungerade Zahl für die Fokusebenen zu wählen. Daher ist es ratsam, eine ungerade Zahl für die Fokusebenen zu wählen.
Wenn man weiß, die dick der Schnitt ist, kann man sich die maximale Anzahl der Fokusebenen (Levels) ausrechnen: Wenn man weiß, die dick der Schnitt ist, kann man sich die maximale Anzahl der Fokusebenen (Levels) ausrechnen:
...@@ -109,7 +109,7 @@ $ n = \dfrac{d}{0.2 \cdot x} $ ...@@ -109,7 +109,7 @@ $ n = \dfrac{d}{0.2 \cdot x} $
Oder umgekehrt: Oder umgekehrt:
Wenn man weiß wieviele Fokusebenen (n) man aufnehmen will, kann man sich den Faktor x ausrechnen mit dem man die Step size multiplizieren muss: Wenn man weiß wie viele Fokusebenen (n) man aufnehmen will, kann man sich den Faktor x ausrechnen mit dem man die Step size multiplizieren muss:
$ x = \dfrac{d}{n \cdot 0.2 \cdot x} $ $ x = \dfrac{d}{n \cdot 0.2 \cdot x} $
...@@ -121,7 +121,7 @@ Bei 5 Fokusebenen ist der Faktor x also 2. ...@@ -121,7 +121,7 @@ Bei 5 Fokusebenen ist der Faktor x also 2.
#### Das Previewfenster #### Das Previewfenster
Rund um das Previewfenster gibt es einige Einstellmöglichkeiten z.B. Automatic Threshold (für die automatische Gewebeerkennung, etc.) oder für das manuelle erstellen eines Rahmens um das Gewebe das gescannt werden soll. Rund um das Previewfenster gibt es einige Einstellmöglichkeiten z.B. Automatic Threshold (für die automatische Gewebeerkennung, etc.) oder für das manuelle Erstellen eines Rahmens um das Gewebe das gescannt werden soll.
### Arbeiten im Planner mode ### Arbeiten im Planner mode
...@@ -135,7 +135,7 @@ Rechts unten im blau-türkisen Rechteck gehts zum Microscope mode. ...@@ -135,7 +135,7 @@ Rechts unten im blau-türkisen Rechteck gehts zum Microscope mode.
#### Lade deine Einstellungen mithilfe eines .csv (comma separated value) Dokuments #### Lade deine Einstellungen mithilfe eines .csv (comma separated value) Dokuments
Der bequemste Weg ein Scanprofil für eine größere Anzahl an Objekträgern zu laden ist der Weg über ein .csv Dokument. Der bequemste Weg ein Scanprofil für eine größere Anzahl an Objektträgern zu laden ist der Weg über ein .csv Dokument.
Erstelle dazu einfach im vorhinein ein Dokument mit folgenden Daten: Erstelle dazu einfach im vorhinein ein Dokument mit folgenden Daten:
Ein Beispieldokument bestehend aus einem Rack mit 5 Objektträgern könnte folgendermaßen aussehen: Ein Beispieldokument bestehend aus einem Rack mit 5 Objektträgern könnte folgendermaßen aussehen:
...@@ -187,7 +187,7 @@ Rechts unten im Fenster gibt es die Multi View Toolbox. Damit können mehrere Sl ...@@ -187,7 +187,7 @@ Rechts unten im Fenster gibt es die Multi View Toolbox. Damit können mehrere Sl
### Arbeiten in Verbindung mit TMA Grand Master ### Arbeiten in Verbindung mit TMA Grand Master
TMA Cores können im SlideViewer annotiert werden um sie dann im TMA Grand Master als Vorlage zur Erstellung der tatsächlichen Cores zu nutzen: TMA Cores können im SlideViewer annotiert werden, um sie dann im TMA Grand Master als Vorlage zur Erstellung der tatsächlichen Cores zu nutzen:
→ Annotations → TMA Tools → Farbe entspricht der Farbcodierung der Bohrer → Annotations → TMA Tools → Farbe entspricht der Farbcodierung der Bohrer
## Reservierung ## Reservierung
...@@ -217,15 +217,15 @@ Wenn **Use saved compensation image** aktiviert ist, erstelle ein neues Bild. ...@@ -217,15 +217,15 @@ Wenn **Use saved compensation image** aktiviert ist, erstelle ein neues Bild.
Wenn es nicht markiert ist: Stelle sicher, dass dein Slide über einen ausreichend sauberen Hintergrund verfügt, damit der Scanner ein Kompensationsbild erstellen kann. Wenn es nicht markiert ist: Stelle sicher, dass dein Slide über einen ausreichend sauberen Hintergrund verfügt, damit der Scanner ein Kompensationsbild erstellen kann.
<img src="../img/artefacts01.png" width="300"/> <img src="../img/artefacts01.png" width="300" alt="artefacts 01"/>
<img src="../img/artefacts02.png" width="300"/> <img src="../img/artefacts02.png" width="300" alt="artefacts 02"/>
### Verschiedenes ### Verschiedenes
Um den Gehäusedeckel zu öffnen, die vier Schrauben am Gehäuseboden lockern. Um den Gehäusedeckel zu öffnen, die vier Schrauben am Gehäuseboden lockern.
Wenn eine Scanner Fehlermeldung auftritt Steckverbindungen überprüfen. Wenn eine Scanner-Fehlermeldung auftritt Steckverbindungen überprüfen.
## Anhang ## Anhang
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