Commit 49f63710 authored by Sabina Köfler's avatar Sabina Köfler
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title: Bitte lies mich
description: Hier findest du die gesamte Dokumentation zu Tools der Arbeitsgruppe Tissue Research
---
# Tissue Research Documentation
# Tissue Research Dokumentation
## Diese Dokumentation beinhaltet
* Quick Start Guide Pannoramic SCAN II
* Quick Start Guide TMA Grand Master
* Get started with Git & GitLab
Hier findest du die gesamte Dokumentation zu den Tools der Arbeitsgruppe "Tissue Research"
# eins
# Tissue Research Dokumentation
* was
* sonst
* noch
Hier findest du die gesamte Dokumentation zu den Tools der Arbeitsgruppe "Tissue Research"
## Diese Dokumentation beinhaltet
* Quick Start Guide Pannoramic SCAN II:
Dabei handelt es sich um eine Kurzfassung des Scannerhandbuchs.
Es soll dir einen schnellen Einstieg in die Benutzung des Scanners geben und behandelt die wichtigsten Funktionen des Scanners.
* Quick Start Guide TMA Grand Master
Dabei handelt es sich um eine Kurzfassung des Handbuchs des TMA Grand Master.
Es soll dir einen schnellen Einstieg in die Benutzung des Tissue Micro Arrayers geben und behandelt die wichtigsten Funktionen des Geräts.
* Get started with Git & GitLab
Ein Git Cheat Sheet
\ No newline at end of file
# zwei
# Quick Start Guide Pannoramic SCAN II
## Prinzip
Der Pannoramic SCAN II wurde entwickelt, um biologische Proben und Präparate (typischerweise histologische Schnitte) mit Hilfe von Durchlicht zu digitalisieren.
<img src="../img/01_scanner.png" alt="Der Scanner" width="800"/>
Der Scanner kann in zwei Modi verwendet werden:
* Microscope mode (um einzelne Slides zu scannen)
* Planner Mode (um ganze Trays bzw. mehrere Trays zu scannen)
### Spezifikationen
Der Scanner kann mit Objektträger und Deckgläsern verwendet werden, die den folgenden Spezifikationen entsprechen:
|| Objektträger | Eindeckgläser |
......@@ -24,12 +27,14 @@ Mit Folien eingedeckte Slides können auch benutzt werden.
Mit Lack eingedeckte Slides dürfen NICHT benutzt werden. Das ist zwar grundsätzlich möglich, aber dazu müsste das Gerät neu eingestellt werden. Bei Bedarf bitte mit Sabina Köfler absprechen.
### Allgemeines
Bei HE Färbung ist der Kontrast sehr gut und es muss kaum manuell nachjustiert werden.
Bei IHC Slides ist der Kontrast schlechter. Diese Slides benötigen deshalb mehr manuellen Eingriff.
Es gibt zwei Programme, die benutzt werden:
1. Pannoramic Scanner Control Software (die Software die den Scanner steuert)
2. Pannoramic Viewer Software (auch **SlideViewer** genannt - zum Anschauen und Annotieren der Scans). Der SlideViewer kann auf jedem privaten Computer installiert werden (Download: https://www.3dhistech.com/research/software-downloads/)
2. Pannoramic Viewer Software (auch **SlideViewer** genannt - zum Anschauen und Annotieren der Scans). Der SlideViewer kann auf jedem privaten Computer installiert werden (Download: <https://www.3dhistech.com/research/software-downloads/>)
Im SlideViewer können keine Keyboard-Shortcuts definiert werden. Es gibt nur wenige, die fest codiert sind. Eine Übersicht befindet sich in den Settings unter Keyboard → Overview.
......@@ -40,12 +45,15 @@ Im SlideViewer können keine Keyboard-Shortcuts definiert werden. Es gibt nur we
> In den Settings keine Veränderungen der Einstellungen vornehmen.
### Vorbereitung
Beim Aufziehen des Schnittes auf den Objektträger darauf achten, dass am linken Rand etwas Abstand zum Objekt ist, da der Objektträger dort in der Schiene liegt und dadurch ein Teil des Objektträgers von dieser verdeckt wird.
## Inbetriebnahme
### Erste Schritte
Scanner und PC können unabhängig voneinander laufen, der Scanner muss aber jedenfalls vor dem Starten der Software eingeschaltet werden.
1. Pannoramic Scanner Control Software starten
2. Modus wählen → Microscope mode/Planner mode/Settings (Symbole)
......@@ -75,6 +83,7 @@ Scanner und PC können unabhängig voneinander laufen, der Scanner muss aber jed
Die Reihenfolge im SlideManager Control Display ist von links nach rechts, aber in der Kassette ist das erste Slide jenes, das sich ganz rechts befindet.
### Arbeiten im Microscope mode
Linke Seite → Menü für Scanner
Option: Scan separately (standardmäßig deaktiviert) ev. für Prostatabiopsien nötig → alle Objekte auf dem Objektträger werden einzeln durchnumeriert.
......@@ -110,12 +119,12 @@ Bei 5 Fokusebenen ist der Faktor x also 2.
>
> Die z-Stack Option "Extended focus" kombiniert die einzelnen Bilder zu einem Gesamtbild → **Achtung: Informationsverlust**
#### Das Previewfenster
Rund um das Previewfenster gibt es einige Einstellmöglichkeiten z.B. Automatic Threshold (für die automatische Gewebeerkennung, etc.) oder für das manuelle erstellen eines Rahmens um das Gewebe das gescannt werden soll.
### Arbeiten im Planner mode
Rechts oben **+** oder **–** um einzelne Racks hinzuzufügen oder zu löschen.
Range to skip angeben (die Slots im Rack die nicht belegt sind) → mit **+** bestätigen.
Ein Scanprofil kann entweder auf **alle Racks** angewendet werden (siehe Bild roter Rahmen), auf **alle Slides eines einzelnen Racks** (siehe Bild gelber Rahmen) oder auf jedes Slide einzeln.
......@@ -124,7 +133,48 @@ Ein Scanprofil kann entweder auf **alle Racks** angewendet werden (siehe Bild ro
Rechts unten im blau-türkisen Rechteck gehts zum Microscope mode.
#### Lade deine Einstellungen mithilfe eines .csv (comma separated value) Dokuments
Der bequemste Weg ein Scanprofil für eine größere Anzahl an Objekträgern zu laden ist der Weg über ein .csv Dokument.
Erstelle dazu einfach im vorhinein ein Dokument mit folgenden Daten:
Ein Beispieldokument bestehend aus einem Rack mit 5 Objektträgern könnte folgendermaßen aussehen:
|Racknummer (1-6)|Nummer des Objektträgers (1-25)|gewünschter Dateiname|Barcode (optional)|Profilname|Belichtungsart (BrightField)|
|:----|:----|:----|:----|:----|:----|
|1|1|MyFileName1|123ABC|HE_20x_excellent|BrightField|
|1|2|MyFileName2|245DEF|HE_40x_excellent|BrightField|
|1|3|MyFileName3|678GHI|HE_40x_zstack_excellent|BrightField|
|1|4|MyFileName4|987JKL|IHC_20x_excellent|BrightField|
|1|5|MyFileName5|654MNO|IHC_40x_excellent|BrightField|
> **Hinweis**: Ein Objektträger kann auch mehr als einmal in der Liste enthalten sein, beispielsweise wenn er mit verschiedenen Profilen gescannt werden soll.
Die fertige .csv Datei muss ohne Kopfzeile und mit Strichpunkt als Feldtrenner gespeichert werden.
Sie soll zum Schluss also so aussehen:
```
1;1;MyFileName1;123ABC;HE_20x_excellent;BrightField
1;2;MyFileName2;245DEF;HE_40x_excellent;BrightField
1;3;MyFileName3;678GHI;HE_40x_zstack_excellent;BrightField
1;4;MyFileName4;987JKL;IHC_20x_excellent;BrightField
1;5;MyFileName5;654MNO;IHC_40x_excellent;BrightField
```
Diese Arbeitsschritte sind nötig um die Scans zu starten:
1. Pannoramic Scanner Control Software starten
2. Planner mode wählen
3. Speicherort wählen
4. CSV Datei laden
![CSV Datei laden](../img/load_csv.png "CSV Datei laden")
5. Scan starten
### Arbeiten im SlideViewer
Im SlideViewer können Annotationen mit unterschiedlichen Werkzeugen gemacht werden.
Diese sind ziemlich selbsterklärend, nur zur Benutzung des "Closed Polygon" Werkzeugs muss gesagt werden, dass Polygone mit einem Rechtsklick geschlossen werden können.
......@@ -135,27 +185,33 @@ Beim Export von Annotationen bedenken, dass dabei nur die ausgewählte(n) Annota
Rechts unten im Fenster gibt es die Multi View Toolbox. Damit können mehrere Slides gleichzeitig in einer geteilten Ansicht betrachtet werden.
### Arbeiten in Verbindung mit TMA Grand Master
TMA Cores können im SlideViewer annotiert werden um sie dann im TMA Grand Master als Vorlage zur Erstellung der tatsächlichen Cores zu nutzen:
→ Annotations → TMA Tools → Farbe entspricht der Farbcodierung der Bohrer
## Logbucheintragungen
Bitte jede Benutzung im aufliegenden Formular eintragen.
## Reinigung
### Reinigung der Werkzeuge
Durch Wärme oder Wachsentfernungsmittel (wird erst noch definiert)
## Wartung
### Kontakt
Das Gerät wird von der Fa. Sanova gewartet. Im Falle eines auftretenden Problems bitte umgehend Sabina Köfler kontaktieren.
## Troubleshooting
Um den Gehäusedeckel zu öffnen, die vier Schrauben am Gehäuseboden lockern.
Wenn Scanner Fehlermedung auftritt Steckverbindungen überprüfen.
## Anhang
### Hilfe
Das komplette Handbuch auf Englisch ist direkt über die Software aufrufbar.
......@@ -5,11 +5,13 @@
```` -->
## Prinzip
Mit dem TMA Grand Master können einfach und schnell TMA-Blöcke aus Gewebekernen von 0.6, 1, 1.5 und 2 mm Durchmesser hergestellt werden. Optional kann das Gerät auch Gewebeproben in Standard 0.2 ml PCR-Gefäße extrahieren.
<img src="../img/02_tma.png" alt="Der Tissue Micro Arrayer" width="800">
Zwei Arbeitsweisen sind möglich:
- Lege alle (max. 60) Spenderblöcke ein, markiere die Punktionspositionen und lass das Gerät dann laufen.
ODER
- Lege die Spenderblöcke kontinuierlich in die Trays ein (10 Blöcke pro Tray) und markiere die Punktionspositionen.
......@@ -20,7 +22,9 @@ So können, während das Gerät die ausgewählten Blöcke bearbeitet, weitere Bl
> Da die Tür des TMAers während des Vorgangs geöffnet werden kann um neue Spenderblöcke einzusetzen, ist darauf zu achten, NIE auf diese Weise einen Empfängerblock zu entfernen (auch wenn er fertig ist), da nur die Operationen des Spenderblocks von der Software überwacht werden.
### Spezifikationen
Die Abmessungen der für den TMA Grand Master geeigneten Kunststoffkassetten sind wie folgt:
- 29 mm (B) x 41 mm (H) x 6 mm (T)
Die Paraffinblöcke können die folgenden Abmessungen haben:
- 24 mm (B) x 37 mm (H) x 7,5 mm (T - vom oberen Rand der Kassette)
......@@ -35,6 +39,7 @@ Die Paraffinblöcke können die folgenden Abmessungen haben:
### Allgemeines
Es gibt zwei Programme, die benutzt werden:
1. TMA Control Software (die Software die das Gerät steuert)
2. TMA Register Software (TMA Datenexport, Suche in TMA Datenbank,... ).
......@@ -44,9 +49,10 @@ Jedes Projekt ist auf einen Durchmesser begrenzt. Wenn ein anderer Durchmesser g
Wenn der Button am Gerät grün leuchtet, kann er zum Öffnen des Geräts bedient werden. Ist er rot öffnet das Gerät nicht.
## Inbetriebnahme
### Erste Schritte
1. Den Kippschalter hinten am Gerät, dann den Kippschalter vorne am Gerät umlegen.
2. TMA Control Software starten nachdem Gerät eingeschaltet wurde.
Die Software startet immer mit dem zuletzt bearbeiteten Projekt, sofern dieses nicht geschlossen wurde.
......@@ -64,26 +70,27 @@ Es können während des Betriebs laufend neue Cores definiert und hinzugefügt w
10. Zum Schluss wird ein neues Bild des TMA aufgenommen (falls nicht automatisch: **"Refresh"** um ein neues Bild aufzunehmen).
### Werkzeug wechseln
#### Bohrer wechseln
<img src="../img/change_tool.png " alt="Der Tissue Micro Arrayer" width="800">
1. Falls ein Projekt offen ist, dieses Schließen.
2. In der Software ganz oben beim Werkzeugsymbol klicken
3. Pop-up erschient in dem der Prozess erklärt wird
4. Klappe über grünen Knopf öffnen
5. Linke Klappe nach oben heben (wie Motorhaube)
6. Stellschraube lösen
7. Block mit Werkzeug drauf entnehmen (während der nächsten Schritte immer darauf achten, dass das Werkzeug aufrecht gehalten wird, damit der gelockerte Bohrkopf niemals auf den Boden fällt)
8. Block mit Daumen und Mittelfinger festhalten, Zeigefinger auf Bohrerbasis drücken (Achtung: Bohrer dabei nicht verbiegen) und Schraube unten lockern
9. Bohrfutter entfernen und neuen einlegen
10. Wieder mit dem Zeugefinger festhalten und Schraube unten festdrehen
11. Block wieder einsetzen
12. Stellschraube (Hebel) feststellen
13. Die Leichtgängigkeit der Zahnräder überprüfen
2. In der Software ganz oben beim Werkzeugsymbol klicken.
3. Pop-up erschient in dem der Prozess erklärt wird.
4. Klappe über grünen Knopf öffnen.
5. Linke Klappe nach oben heben (wie Motorhaube).
6. Stellschraube lösen.
7. Block mit Werkzeug drauf entnehmen (während der nächsten Schritte immer darauf achten, dass das Werkzeug aufrecht gehalten wird, damit der gelockerte Bohrkopf niemals auf den Boden fällt).
8. Block mit Daumen und Mittelfinger festhalten, Zeigefinger auf Bohrerbasis drücken (Achtung: Bohrer dabei nicht verbiegen) und Schraube unten lockern.
9. Bohrfutter entfernen und neuen einlegen.
10. Wieder mit dem Zeugefinger festhalten und Schraube unten festdrehen.
11. Block wieder einsetzen.
12. Stellschraube (Hebel) feststellen.
13. Die Leichtgängigkeit der Zahnräder überprüfen.
#### Stanze wechseln
1.-7. siehe oben
8. Hier darauf achten, dass der Durchstecker (Kolben) der von unten eingeschoben ist beim Öffnen der unteren Schraube nicht rausfällt.
9. Kolben rauszuiehen und Stanzfutter abnehmen
......@@ -93,18 +100,25 @@ Es können während des Betriebs laufend neue Cores definiert und hinzugefügt w
13. Die Leichtgängigkeit der Zahnräder überprüfen
## Logbucheintragungen
Bitte jede Benutzung im aufliegenden Formular eintragen.
## Reinigung
### Reinigung der Werkzeuge
Durch Wärme oder Wachsentfernungsmittel (wird erst noch definiert)
## Wartung
### Kontakt
Das Gerät wird von der Fa. Sanova gewartet. Im Falle eines auftretenden Problems bitte umgehend Sabina Köfler kontaktieren.
## Troubleshooting
## Anhang
### Hilfe
Das komplette Handbuch auf Englisch ist direkt über die Software aufrufbar. Zudem sind Videoanleitungen zu den wichtigsten Funktionen verfügbar.
# Das sollte deutsch sein
das ist ein test.
# one
# Tissue Research Documentation
# two
Here you can find the complete documentation of the tools of the working group "Tissue Research".
## This documentation includes
* Quick Start Guide Pannoramic SCAN II:
This is an abridged version of the scanner manual.
It is intended to give you a quick introduction to the use of the scanner and covers the most important functions of the scanner.
* Quick Start Guide TMA Grand Master
This is a short version of the TMA Grand Master manual.
It is intended to give you a quick start in using the Tissue Micro Arrayer and covers the most important functions of the device.
* Get started with Git & GitLab
A Git Cheat Sheet
Translated with www.DeepL.com/Translator (free version)
\ No newline at end of file
# Learn how to use git
## check your local working directory for changes
```
......
# Quick Start Guide Pannoramic SCAN II
## Principle
The Pannoramic SCAN II is designed to digitise biological specimens and preparations (typically histological sections) using transmitted light.
<img src="../img/01_scanner.png" alt="The scanner" width="800"/>
The scanner can be used in two modes:
* Microscope mode (to scan individual slides).
* Planner mode (to scan whole trays or multiple trays)
### Specifications
The scanner can be used with slides and coverslips that meet the following specifications:
|| Slides | Coverglasses |
|--------------|-----------|------------|
| length |75.0 to 76.0 mm | max. 50 mm |
| Width |25.0 to 26.0 mm | max. 24 mm (recommended: 22 mm) |
|thickness |0.90 to 1.2 mm|No. 1 and No. 1.5 (0.13 to 0.16 mm and 0.16 to 0.19 mm)|
|Corners|45° bevelled corners|
|Edges|Sanded or cut|
Slides covered with foil can also be used.
Slides covered with varnish must NOT be used. This is possible in principle, but the unit would have to be readjusted. If necessary, please contact Sabina Köfler.
### General
With HE staining, the contrast is very good and hardly any manual adjustment is required.
With IHC slides the contrast is worse. These slides therefore require more manual intervention.
There are two programmes that are used:
1. Pannoramic Scanner Control Software (the software that controls the scanner).
2. Pannoramic Viewer Software (also called **SlideViewer** - for viewing and annotating the scans). SlideViewer can be installed on any private computer (download: <https://www.3dhistech.com/research/software-downloads/>).
No keyboard shortcuts can be defined in SlideViewer. There are only a few that are hard-coded. An overview can be found in the Settings under Keyboard → Overview.
![Settings](../img/settings.png "Settings")
> **Important**:
>
> Do not make any changes to the settings in the Settings.
### Preparation
When mounting the section on the slide, make sure that there is some distance to the object at the left edge, as the slide lies there in the rail and thus a part of the slide is covered by it.
## Start-up
### First steps
Scanner and PC can run independently, but the scanner must be switched on before starting the software.
1. Start the Pannoramic Scanner Control software.
2. select mode → Microscope mode/Planner mode/Settings (icons).
<img src="../img/modi_startup.png" alt="Select mode" width="300"/>
3. initialise microscope (3rd button from top left)
![Initialise](../img/initialize_new02.png "Initialise")
4. select scan profile (e.g. 20x H&E)
* Either one of the existing profiles can be selected, or
* the profile of an already scanned slide can be used
![Open profile](../img/open_profile.png "Open profile")
![select profile](../img/open_profile02.png "select profile")
5. load slide(s)
* Left slide for loading, right slide for unloading.
* Before inserting the slides, they must be checked for compatibility. To do this, measure the height, width and thickness (without cover slip) with the stainless steel tool.
<img src="../img/5.jpg" alt="The tool for measuring the slides" width="400"/>
**All in the green zone? OK**
* Load the cassette from right to left. Note the direction of the labelling. There is a note on the side of the magazine indicating how to load the slides.
6. Open the Slide Control Display
![Open Slide Control Display](../img/slide_control.png "Open Slide Control Display")
The order in the SlideManager Control Display is from left to right, but in the cassette the first slide is the one on the far right.
### Working in Microscope mode
Left side → Menu for scanner
Option: Scan separately (deactivated by default) possibly necessary for prostate biopsies → all objects on the slide are numbered individually.
After successful scanning, a link to the scan appears at the top right. Click on the link to open the scan in SlideViewer.
#### z-stack
<img src="../img/focus_levels.png" alt="take z-stack" width="300"/>
Step size = 0.2 µm (x value in the field) → this is the distance between the recorded levels of the z-stack.
For example, if you set 5 levels, the output level (current level) plus four (two focus levels above and below) will be captured.
Therefore, it is advisable to choose an odd number for the focus levels.
If you know the thickness of the section, you can calculate the maximum number of focus planes (levels):
$d$ = thickness of the cut (e.g. 2 µm)
$0.2*x$ = Step size (min. 0.2 µm)
$n$ = Number of possible focal planes (levels)
$ n = \dfrac{d}{0.2 \cdot x} $
Or vice versa:
If you know how many focal planes (n) you want to take, you can calculate the factor x by which you have to multiply the step size:
$ x = \dfrac{d}{n \cdot 0.2 \cdot x} $
So with 5 focus levels, the factor x is 2.
> **Important**:
>
> The z-stack option "Extended focus" combines the individual images into one overall image → **Caution: Loss of information**.
#### The preview window
Around the preview window there are several settings, e.g. Automatic Threshold (for automatic tissue detection, etc.) or for manually creating a frame around the tissue to be scanned.
### Working in Planner mode
In the upper right corner **+** or **-** to add or delete individual racks.
Specify Range to skip (the slots in the rack that are not occupied) → confirm with **+**.
A scan profile can either be applied to **all racks** (see image red frame), to **all slides of a single rack** (see image yellow frame) or to each slide individually.
![Apply profile to racks](../img/profile_to_racks.png "Apply profile to racks")
At the bottom right, in the blue-turquoise rectangle, go to Microscope mode.
#### Load your settings through a .csv file
The most convenient way to load a scan profile for a large number of slides is via a .csv document.
Simply create a document in advance with the following data:
An example document consisting of a rack with 5 slides could look like this:
|rack number (1-6)|slide position (1-25)|desired file name|barcode (optional)|profile name|illumination type (BrightField)|
|:----|:----|:----|:----|:----|:----|
|1|1|MyFileName1|123ABC|HE_20x_excellent|BrightField|
|1|2|MyFileName2|245DEF|HE_40x_excellent|BrightField|
|1|3|MyFileName3|678GHI|HE_40x_zstack_excellent|BrightField|
|1|4|MyFileName4|987JKL|IHC_20x_excellent|BrightField|
|1|5|MyFileName5|654MNO|IHC_40x_excellent|BrightField|
> **Note**: A slide can also be included in the list more than once, for example if it is to be scanned with different profiles.
The finished .csv file must be saved without a header line and with a semicolon as field separator.
In the end, it should look like this:
```
1;1;MyFileName1;123ABC;HE_20x_excellent;BrightField
1;2;MyFileName2;245DEF;HE_40x_excellent;BrightField
1;3;MyFileName3;678GHI;HE_40x_zstack_excellent;BrightField
1;4;MyFileName4;987JKL;IHC_20x_excellent;BrightField
1;5;MyFileName5;654MNO;IHC_40x_excellent;BrightField
```
These steps are necessary to start the scans. 1:
1. start the Pannoramic Scanner Control Software
2. select Planner mode
3. select storage location
4. load CSV file
![Load CSV file](../img/load_csv.png "Load CSV file")
5. start scan
### Working in SlideViewer
In SlideViewer, annotations can be made with various tools.
These are quite self-explanatory, except for the use of the "Closed Polygon" tool, which can be closed with a right click.
Annotations can be selected by clicking on their (yellow) label.
When exporting annotations, remember that only the selected annotation(s) will be exported. With Ctrl + A all can be selected.
At the bottom right of the window there is the Multi View Toolbox. This allows multiple slides to be viewed simultaneously in a split view.
### Working in conjunction with TMA Grand Master
TMA Cores can be annotated in SlideViewer to be used as a template in TMA Grand Master to create the actual cores:
→ Annotations → TMA Tools → Colour corresponds to the colour coding of the drills.
## Logbook entries
Please enter each use in the form provided.
## Cleaning
### Cleaning the tools
By heat or wax remover (to be defined).
## Maintenance
### Contact
The unit is maintained by Sanova. In case of a problem please contact Sabina Köfler immediately.
## Troubleshooting
To open the housing cover, loosen the four screws on the bottom of the housing.
If a scanner error occurs, check the plug connections.
## Appendix
### Help
The complete manual in English can be accessed directly via the software.
# Quick Start Guide TMA Grand Master
<!-- ```` {.latex}
% here could also be some latex
```` -->
## Principle
With the TMA Grand Master, TMA blocks can be easily and quickly prepared from tissue cores of 0.6, 1, 1.5 and 2 mm diameter. Optionally, the device can also extract tissue samples into standard 0.2 ml PCR tubes.
<img src="../img/02_tma.png" alt="The Tissue Micro Arrayer" width="800">
Two ways of working are possible:
- Insert all (max. 60) donor blocks, mark the puncture positions and then run the machine.
OR
- Insert the donor blocks continuously into the trays (10 blocks per tray) and mark the puncture positions.
This way, while the unit is processing the selected blocks, more donor blocks can be inserted and drilling positions marked.
> **Important**:
>
> As the door of the TMAer can be opened during the procedure to insert new donor blocks, be careful NEVER to remove a recipient block in this way (even if it is finished), as only donor block operations are monitored by the software.
### Specifications
The dimensions of the plastic cassettes suitable for the TMA Grand Master are as follows:
- 29 mm (W) x 41 mm (H) x 6 mm (D).
The paraffin blocks can have the following dimensions:
- 24 mm (W) x 37 mm (H) x 7.5 mm (D - from the top of the cassette).
| Paraffin Block Size (mm) | Drill Hole Ø (mm) | Max. Number of Drill Holes | Drill Colour |
|--------------|-----------|------------|------------|
| 37×24 | 0.6 | 16×31 = 558 | N/A |
|| 1.0 | 13×22 = 286 | black |
| 1.5 | 9×15 = 135 | magenta |
|| 2.0 | 7×12 = 84 | blue |
### General
There are two programmes that are used:
1. TMA Control Software (the software that controls the unit)
2. TMA Register Software (TMA data export, search in TMA database, ... ).
The donor block should not be too flat, as the adhesion between the punch and the punched material could then be too low and the material could be lost.
Each project is limited to one diameter. If another diameter is to be selected, the current project must be closed first.
If the button on the machine is green, it can be used to open the machine. If it is red, the unit will not open.
## Commissioning
### First steps
1. Flip the toggle switch on the back of the unit, then the toggle switch on the front of the unit.
2. Start the TMA Control software after switching on the unit.
The software always starts with the last edited project, unless it has been closed.
3. If no project is open → create project.
4. To load the unit with donor and/or receiver blocks, open the flap by pressing the green button.
Press the blue/silver levers down and insert the blocks with the bevelled side up first.
5. If you want to create several identical receiver blocks with the same donor material, you can create a "clone group" with the two blocks. To do this, right-click on the layout symbol in the bottom right corner of the recipient block overview and assign the same group.
6. To the right of the picture of the recipient block **>>** Create layout, then save layout.
Icon with "dots" above **>>** to select/browse layout.
7. Each block needs an ID, this is either loaded from the barcode or entered manually.
<!-- Once the CaseCenter is installed, clicking on "Slide" will link the corresponding slide via the barcode. -->
8. To position a core, click on a point in the overlay layout, then the mouse pointer becomes a circle. This circle can then be placed on the block.
9. Once a core has been positioned, the unit can begin to work.
New cores can be defined and added continuously during operation.