Commit 49f63710 authored by Sabina Köfler's avatar Sabina Köfler
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--- # Tissue Research Documentation
title: Bitte lies mich
description: Hier findest du die gesamte Dokumentation zu Tools der Arbeitsgruppe Tissue Research
---
# Tissue Research Dokumentation Hier findest du die gesamte Dokumentation zu den Tools der Arbeitsgruppe "Tissue Research"
## Diese Dokumentation beinhaltet
* Quick Start Guide Pannoramic SCAN II
* Quick Start Guide TMA Grand Master
* Get started with Git & GitLab
# eins # Tissue Research Dokumentation
* was Hier findest du die gesamte Dokumentation zu den Tools der Arbeitsgruppe "Tissue Research"
* sonst
* noch
# zwei ## Diese Dokumentation beinhaltet
* Quick Start Guide Pannoramic SCAN II:
Dabei handelt es sich um eine Kurzfassung des Scannerhandbuchs.
Es soll dir einen schnellen Einstieg in die Benutzung des Scanners geben und behandelt die wichtigsten Funktionen des Scanners.
* Quick Start Guide TMA Grand Master
Dabei handelt es sich um eine Kurzfassung des Handbuchs des TMA Grand Master.
Es soll dir einen schnellen Einstieg in die Benutzung des Tissue Micro Arrayers geben und behandelt die wichtigsten Funktionen des Geräts.
* Get started with Git & GitLab
Ein Git Cheat Sheet
\ No newline at end of file
# Quick Start Guide Pannoramic SCAN II # Quick Start Guide Pannoramic SCAN II
## Prinzip ## Prinzip
Der Pannoramic SCAN II wurde entwickelt, um biologische Proben und Präparate (typischerweise histologische Schnitte) mit Hilfe von Durchlicht zu digitalisieren. Der Pannoramic SCAN II wurde entwickelt, um biologische Proben und Präparate (typischerweise histologische Schnitte) mit Hilfe von Durchlicht zu digitalisieren.
<img src="../img/01_scanner.png" alt="Der Scanner" width="800"/> <img src="../img/01_scanner.png" alt="Der Scanner" width="800"/>
Der Scanner kann in zwei Modi verwendet werden: Der Scanner kann in zwei Modi verwendet werden:
* Microscope mode (um einzelne Slides zu scannen) * Microscope mode (um einzelne Slides zu scannen)
* Planner Mode (um ganze Trays bzw. mehrere Trays zu scannen) * Planner Mode (um ganze Trays bzw. mehrere Trays zu scannen)
### Spezifikationen ### Spezifikationen
Der Scanner kann mit Objektträger und Deckgläsern verwendet werden, die den folgenden Spezifikationen entsprechen:
Der Scanner kann mit Objektträger und Deckgläsern verwendet werden, die den folgenden Spezifikationen entsprechen:
|| Objektträger | Eindeckgläser | || Objektträger | Eindeckgläser |
|--------------|-----------|------------| |--------------|-----------|------------|
...@@ -24,38 +27,43 @@ Mit Folien eingedeckte Slides können auch benutzt werden. ...@@ -24,38 +27,43 @@ Mit Folien eingedeckte Slides können auch benutzt werden.
Mit Lack eingedeckte Slides dürfen NICHT benutzt werden. Das ist zwar grundsätzlich möglich, aber dazu müsste das Gerät neu eingestellt werden. Bei Bedarf bitte mit Sabina Köfler absprechen. Mit Lack eingedeckte Slides dürfen NICHT benutzt werden. Das ist zwar grundsätzlich möglich, aber dazu müsste das Gerät neu eingestellt werden. Bei Bedarf bitte mit Sabina Köfler absprechen.
### Allgemeines ### Allgemeines
Bei HE Färbung ist der Kontrast sehr gut und es muss kaum manuell nachjustiert werden. Bei HE Färbung ist der Kontrast sehr gut und es muss kaum manuell nachjustiert werden.
Bei IHC Slides ist der Kontrast schlechter. Diese Slides benötigen deshalb mehr manuellen Eingriff. Bei IHC Slides ist der Kontrast schlechter. Diese Slides benötigen deshalb mehr manuellen Eingriff.
Es gibt zwei Programme, die benutzt werden: Es gibt zwei Programme, die benutzt werden:
1. Pannoramic Scanner Control Software (die Software die den Scanner steuert) 1. Pannoramic Scanner Control Software (die Software die den Scanner steuert)
2. Pannoramic Viewer Software (auch **SlideViewer** genannt - zum Anschauen und Annotieren der Scans). Der SlideViewer kann auf jedem privaten Computer installiert werden (Download: https://www.3dhistech.com/research/software-downloads/) 2. Pannoramic Viewer Software (auch **SlideViewer** genannt - zum Anschauen und Annotieren der Scans). Der SlideViewer kann auf jedem privaten Computer installiert werden (Download: <https://www.3dhistech.com/research/software-downloads/>)
Im SlideViewer können keine Keyboard-Shortcuts definiert werden. Es gibt nur wenige, die fest codiert sind. Eine Übersicht befindet sich in den Settings unter Keyboard → Overview. Im SlideViewer können keine Keyboard-Shortcuts definiert werden. Es gibt nur wenige, die fest codiert sind. Eine Übersicht befindet sich in den Settings unter Keyboard → Overview.
![Settings](../img/settings.png "Settings") ![Settings](../img/settings.png "Settings")
> **Wichtig**: > **Wichtig**:
> >
> In den Settings keine Veränderungen der Einstellungen vornehmen. > In den Settings keine Veränderungen der Einstellungen vornehmen.
### Vorbereitung ### Vorbereitung
Beim Aufziehen des Schnittes auf den Objektträger darauf achten, dass am linken Rand etwas Abstand zum Objekt ist, da der Objektträger dort in der Schiene liegt und dadurch ein Teil des Objektträgers von dieser verdeckt wird. Beim Aufziehen des Schnittes auf den Objektträger darauf achten, dass am linken Rand etwas Abstand zum Objekt ist, da der Objektträger dort in der Schiene liegt und dadurch ein Teil des Objektträgers von dieser verdeckt wird.
## Inbetriebnahme ## Inbetriebnahme
### Erste Schritte ### Erste Schritte
Scanner und PC können unabhängig voneinander laufen, der Scanner muss aber jedenfalls vor dem Starten der Software eingeschaltet werden. Scanner und PC können unabhängig voneinander laufen, der Scanner muss aber jedenfalls vor dem Starten der Software eingeschaltet werden.
1. Pannoramic Scanner Control Software starten 1. Pannoramic Scanner Control Software starten
2. Modus wählen → Microscope mode/Planner mode/Settings (Symbole) 2. Modus wählen → Microscope mode/Planner mode/Settings (Symbole)
<img src="../img/modi_startup.png" alt="Modus wählen" width="300"/> <img src="../img/modi_startup.png" alt="Modus wählen" width="300"/>
3. Mikroskop initialisieren (3. Button von oben links) 3. Mikroskop initialisieren (3. Button von oben links)
![Initialisieren](../img/initialize_new02.png "Initialisieren") ![Initialisieren](../img/initialize_new02.png "Initialisieren")
4. Scanprofil wählen (z.B. 20x H&E) 4. Scanprofil wählen (z.B. 20x H&E)
* Es kann entweder aus den vorhandenen Profilen eines ausgewählt werden, oder * Es kann entweder aus den vorhandenen Profilen eines ausgewählt werden, oder
* es kann das Profil eines bereits gescannten Slides verwendet werden * es kann das Profil eines bereits gescannten Slides verwendet werden
...@@ -64,17 +72,18 @@ Scanner und PC können unabhängig voneinander laufen, der Scanner muss aber jed ...@@ -64,17 +72,18 @@ Scanner und PC können unabhängig voneinander laufen, der Scanner muss aber jed
5. Slide(s) laden 5. Slide(s) laden
* Linker Schacht zum Beladen, rechter Schacht zum Entladen. * Linker Schacht zum Beladen, rechter Schacht zum Entladen.
* Vor dem Einsetzen der Objektträger müssen diese auf Kompatibilität überprüft werden. Dazu mit dem Tool aus Edelstahl Höhe, Breite und Dicke (ohne Deckglas) abmessen. * Vor dem Einsetzen der Objektträger müssen diese auf Kompatibilität überprüft werden. Dazu mit dem Tool aus Edelstahl Höhe, Breite und Dicke (ohne Deckglas) abmessen.
<img src="../img/5.jpg" alt="Das Tool zum Abmessen der Slides" width="400"/> <img src="../img/5.jpg" alt="Das Tool zum Abmessen der Slides" width="400"/>
**Alles im Grünen Bereich? OK** **Alles im Grünen Bereich? OK**
* Kassette von rechts nach links beladen. Richtung der Beschriftung beachten. Seitlich am Magazin befindet sich ein Hinweis wie die Slides eingelegt werden müssen. * Kassette von rechts nach links beladen. Richtung der Beschriftung beachten. Seitlich am Magazin befindet sich ein Hinweis wie die Slides eingelegt werden müssen.
6. Slide Control Display öffnen 6. Slide Control Display öffnen
![Slide Control Display öffnen](../img/slide_control.png "Slide Control Display öffnen") ![Slide Control Display öffnen](../img/slide_control.png "Slide Control Display öffnen")
Die Reihenfolge im SlideManager Control Display ist von links nach rechts, aber in der Kassette ist das erste Slide jenes, das sich ganz rechts befindet. Die Reihenfolge im SlideManager Control Display ist von links nach rechts, aber in der Kassette ist das erste Slide jenes, das sich ganz rechts befindet.
### Arbeiten im Microscope mode ### Arbeiten im Microscope mode
Linke Seite → Menü für Scanner Linke Seite → Menü für Scanner
Option: Scan separately (standardmäßig deaktiviert) ev. für Prostatabiopsien nötig → alle Objekte auf dem Objektträger werden einzeln durchnumeriert. Option: Scan separately (standardmäßig deaktiviert) ev. für Prostatabiopsien nötig → alle Objekte auf dem Objektträger werden einzeln durchnumeriert.
...@@ -93,29 +102,29 @@ Daher ist es ratsam, eine ungerade Zahl für die Fokusebenen zu wählen. ...@@ -93,29 +102,29 @@ Daher ist es ratsam, eine ungerade Zahl für die Fokusebenen zu wählen.
Wenn man weiß, die dick der Schnitt ist, kann man sich die maximale Anzahl der Fokusebenen (Levels) ausrechnen: Wenn man weiß, die dick der Schnitt ist, kann man sich die maximale Anzahl der Fokusebenen (Levels) ausrechnen:
$d$ = Dicke des Schnittes (z.B. 2 µm) $d$ = Dicke des Schnittes (z.B. 2 µm)
$0.2*x$ = Step size (min. 0.2 µm) $0.2*x$ = Step size (min. 0.2 µm)
$n$ = Anzahl der möglichen Fokusebenen (Levels) $n$ = Anzahl der möglichen Fokusebenen (Levels)
$ n = \dfrac{d}{0.2 \cdot x} $ $ n = \dfrac{d}{0.2 \cdot x} $
Oder umgekehrt: Oder umgekehrt:
Wenn man weiß wieviele Fokusebenen (n) man aufnehmen will, kann man sich den Faktor x ausrechnen mit dem man die Step size multiplizieren muss: Wenn man weiß wieviele Fokusebenen (n) man aufnehmen will, kann man sich den Faktor x ausrechnen mit dem man die Step size multiplizieren muss:
$ x = \dfrac{d}{n \cdot 0.2 \cdot x} $ $ x = \dfrac{d}{n \cdot 0.2 \cdot x} $
Bei 5 Fokusebenen ist der Faktor x also 2. Bei 5 Fokusebenen ist der Faktor x also 2.
> **Wichtig**: > **Wichtig**:
> >
> Die z-Stack Option "Extended focus" kombiniert die einzelnen Bilder zu einem Gesamtbild → **Achtung: Informationsverlust** > Die z-Stack Option "Extended focus" kombiniert die einzelnen Bilder zu einem Gesamtbild → **Achtung: Informationsverlust**
#### Das Previewfenster #### Das Previewfenster
Rund um das Previewfenster gibt es einige Einstellmöglichkeiten z.B. Automatic Threshold (für die automatische Gewebeerkennung, etc.) oder für das manuelle erstellen eines Rahmens um das Gewebe das gescannt werden soll. Rund um das Previewfenster gibt es einige Einstellmöglichkeiten z.B. Automatic Threshold (für die automatische Gewebeerkennung, etc.) oder für das manuelle erstellen eines Rahmens um das Gewebe das gescannt werden soll.
### Arbeiten im Planner mode ### Arbeiten im Planner mode
Rechts oben **+** oder **–** um einzelne Racks hinzuzufügen oder zu löschen. Rechts oben **+** oder **–** um einzelne Racks hinzuzufügen oder zu löschen.
Range to skip angeben (die Slots im Rack die nicht belegt sind) → mit **+** bestätigen. Range to skip angeben (die Slots im Rack die nicht belegt sind) → mit **+** bestätigen.
Ein Scanprofil kann entweder auf **alle Racks** angewendet werden (siehe Bild roter Rahmen), auf **alle Slides eines einzelnen Racks** (siehe Bild gelber Rahmen) oder auf jedes Slide einzeln. Ein Scanprofil kann entweder auf **alle Racks** angewendet werden (siehe Bild roter Rahmen), auf **alle Slides eines einzelnen Racks** (siehe Bild gelber Rahmen) oder auf jedes Slide einzeln.
...@@ -124,38 +133,85 @@ Ein Scanprofil kann entweder auf **alle Racks** angewendet werden (siehe Bild ro ...@@ -124,38 +133,85 @@ Ein Scanprofil kann entweder auf **alle Racks** angewendet werden (siehe Bild ro
Rechts unten im blau-türkisen Rechteck gehts zum Microscope mode. Rechts unten im blau-türkisen Rechteck gehts zum Microscope mode.
#### Lade deine Einstellungen mithilfe eines .csv (comma separated value) Dokuments
Der bequemste Weg ein Scanprofil für eine größere Anzahl an Objekträgern zu laden ist der Weg über ein .csv Dokument.
Erstelle dazu einfach im vorhinein ein Dokument mit folgenden Daten:
Ein Beispieldokument bestehend aus einem Rack mit 5 Objektträgern könnte folgendermaßen aussehen:
|Racknummer (1-6)|Nummer des Objektträgers (1-25)|gewünschter Dateiname|Barcode (optional)|Profilname|Belichtungsart (BrightField)|
|:----|:----|:----|:----|:----|:----|
|1|1|MyFileName1|123ABC|HE_20x_excellent|BrightField|
|1|2|MyFileName2|245DEF|HE_40x_excellent|BrightField|
|1|3|MyFileName3|678GHI|HE_40x_zstack_excellent|BrightField|
|1|4|MyFileName4|987JKL|IHC_20x_excellent|BrightField|
|1|5|MyFileName5|654MNO|IHC_40x_excellent|BrightField|
> **Hinweis**: Ein Objektträger kann auch mehr als einmal in der Liste enthalten sein, beispielsweise wenn er mit verschiedenen Profilen gescannt werden soll.
Die fertige .csv Datei muss ohne Kopfzeile und mit Strichpunkt als Feldtrenner gespeichert werden.
Sie soll zum Schluss also so aussehen:
```
1;1;MyFileName1;123ABC;HE_20x_excellent;BrightField
1;2;MyFileName2;245DEF;HE_40x_excellent;BrightField
1;3;MyFileName3;678GHI;HE_40x_zstack_excellent;BrightField
1;4;MyFileName4;987JKL;IHC_20x_excellent;BrightField
1;5;MyFileName5;654MNO;IHC_40x_excellent;BrightField
```
Diese Arbeitsschritte sind nötig um die Scans zu starten:
1. Pannoramic Scanner Control Software starten
2. Planner mode wählen
3. Speicherort wählen
4. CSV Datei laden
![CSV Datei laden](../img/load_csv.png "CSV Datei laden")
5. Scan starten
### Arbeiten im SlideViewer ### Arbeiten im SlideViewer
Im SlideViewer können Annotationen mit unterschiedlichen Werkzeugen gemacht werden. Im SlideViewer können Annotationen mit unterschiedlichen Werkzeugen gemacht werden.
Diese sind ziemlich selbsterklärend, nur zur Benutzung des "Closed Polygon" Werkzeugs muss gesagt werden, dass Polygone mit einem Rechtsklick geschlossen werden können. Diese sind ziemlich selbsterklärend, nur zur Benutzung des "Closed Polygon" Werkzeugs muss gesagt werden, dass Polygone mit einem Rechtsklick geschlossen werden können.
Annotationen können durch einen Klick auf ihr (gelbes) Label ausgewählt werden. Annotationen können durch einen Klick auf ihr (gelbes) Label ausgewählt werden.
Beim Export von Annotationen bedenken, dass dabei nur die ausgewählte(n) Annotation(en) exportiert wird/werden. Mit Strg + A können alle ausgewählt werden. Beim Export von Annotationen bedenken, dass dabei nur die ausgewählte(n) Annotation(en) exportiert wird/werden. Mit Strg + A können alle ausgewählt werden.
Rechts unten im Fenster gibt es die Multi View Toolbox. Damit können mehrere Slides gleichzeitig in einer geteilten Ansicht betrachtet werden. Rechts unten im Fenster gibt es die Multi View Toolbox. Damit können mehrere Slides gleichzeitig in einer geteilten Ansicht betrachtet werden.
### Arbeiten in Verbindung mit TMA Grand Master ### Arbeiten in Verbindung mit TMA Grand Master
TMA Cores können im SlideViewer annotiert werden um sie dann im TMA Grand Master als Vorlage zur Erstellung der tatsächlichen Cores zu nutzen: TMA Cores können im SlideViewer annotiert werden um sie dann im TMA Grand Master als Vorlage zur Erstellung der tatsächlichen Cores zu nutzen:
→ Annotations → TMA Tools → Farbe entspricht der Farbcodierung der Bohrer → Annotations → TMA Tools → Farbe entspricht der Farbcodierung der Bohrer
## Logbucheintragungen ## Logbucheintragungen
Bitte jede Benutzung im aufliegenden Formular eintragen. Bitte jede Benutzung im aufliegenden Formular eintragen.
## Reinigung ## Reinigung
### Reinigung der Werkzeuge ### Reinigung der Werkzeuge
Durch Wärme oder Wachsentfernungsmittel (wird erst noch definiert) Durch Wärme oder Wachsentfernungsmittel (wird erst noch definiert)
## Wartung ## Wartung
### Kontakt ### Kontakt
Das Gerät wird von der Fa. Sanova gewartet. Im Falle eines auftretenden Problems bitte umgehend Sabina Köfler kontaktieren. Das Gerät wird von der Fa. Sanova gewartet. Im Falle eines auftretenden Problems bitte umgehend Sabina Köfler kontaktieren.
## Troubleshooting ## Troubleshooting
Um den Gehäusedeckel zu öffnen, die vier Schrauben am Gehäuseboden lockern. Um den Gehäusedeckel zu öffnen, die vier Schrauben am Gehäuseboden lockern.
Wenn Scanner Fehlermedung auftritt Steckverbindungen überprüfen. Wenn Scanner Fehlermedung auftritt Steckverbindungen überprüfen.
## Anhang ## Anhang
### Hilfe ### Hilfe
Das komplette Handbuch auf Englisch ist direkt über die Software aufrufbar. Das komplette Handbuch auf Englisch ist direkt über die Software aufrufbar.
...@@ -5,22 +5,26 @@ ...@@ -5,22 +5,26 @@
```` --> ```` -->
## Prinzip ## Prinzip
Mit dem TMA Grand Master können einfach und schnell TMA-Blöcke aus Gewebekernen von 0.6, 1, 1.5 und 2 mm Durchmesser hergestellt werden. Optional kann das Gerät auch Gewebeproben in Standard 0.2 ml PCR-Gefäße extrahieren. Mit dem TMA Grand Master können einfach und schnell TMA-Blöcke aus Gewebekernen von 0.6, 1, 1.5 und 2 mm Durchmesser hergestellt werden. Optional kann das Gerät auch Gewebeproben in Standard 0.2 ml PCR-Gefäße extrahieren.
<img src="../img/02_tma.png" alt="Der Tissue Micro Arrayer" width="800"> <img src="../img/02_tma.png" alt="Der Tissue Micro Arrayer" width="800">
Zwei Arbeitsweisen sind möglich: Zwei Arbeitsweisen sind möglich:
- Lege alle (max. 60) Spenderblöcke ein, markiere die Punktionspositionen und lass das Gerät dann laufen. - Lege alle (max. 60) Spenderblöcke ein, markiere die Punktionspositionen und lass das Gerät dann laufen.
ODER ODER
- Lege die Spenderblöcke kontinuierlich in die Trays ein (10 Blöcke pro Tray) und markiere die Punktionspositionen. - Lege die Spenderblöcke kontinuierlich in die Trays ein (10 Blöcke pro Tray) und markiere die Punktionspositionen.
So können, während das Gerät die ausgewählten Blöcke bearbeitet, weitere Blöcke eingelegt und Bohrpositionen markiert werden. So können, während das Gerät die ausgewählten Blöcke bearbeitet, weitere Blöcke eingelegt und Bohrpositionen markiert werden.
> **Wichtig**: > **Wichtig**:
> >
> Da die Tür des TMAers während des Vorgangs geöffnet werden kann um neue Spenderblöcke einzusetzen, ist darauf zu achten, NIE auf diese Weise einen Empfängerblock zu entfernen (auch wenn er fertig ist), da nur die Operationen des Spenderblocks von der Software überwacht werden. > Da die Tür des TMAers während des Vorgangs geöffnet werden kann um neue Spenderblöcke einzusetzen, ist darauf zu achten, NIE auf diese Weise einen Empfängerblock zu entfernen (auch wenn er fertig ist), da nur die Operationen des Spenderblocks von der Software überwacht werden.
### Spezifikationen ### Spezifikationen
Die Abmessungen der für den TMA Grand Master geeigneten Kunststoffkassetten sind wie folgt: Die Abmessungen der für den TMA Grand Master geeigneten Kunststoffkassetten sind wie folgt:
- 29 mm (B) x 41 mm (H) x 6 mm (T) - 29 mm (B) x 41 mm (H) x 6 mm (T)
Die Paraffinblöcke können die folgenden Abmessungen haben: Die Paraffinblöcke können die folgenden Abmessungen haben:
- 24 mm (B) x 37 mm (H) x 7,5 mm (T - vom oberen Rand der Kassette) - 24 mm (B) x 37 mm (H) x 7,5 mm (T - vom oberen Rand der Kassette)
...@@ -35,6 +39,7 @@ Die Paraffinblöcke können die folgenden Abmessungen haben: ...@@ -35,6 +39,7 @@ Die Paraffinblöcke können die folgenden Abmessungen haben:
### Allgemeines ### Allgemeines
Es gibt zwei Programme, die benutzt werden: Es gibt zwei Programme, die benutzt werden:
1. TMA Control Software (die Software die das Gerät steuert) 1. TMA Control Software (die Software die das Gerät steuert)
2. TMA Register Software (TMA Datenexport, Suche in TMA Datenbank,... ). 2. TMA Register Software (TMA Datenexport, Suche in TMA Datenbank,... ).
...@@ -44,12 +49,13 @@ Jedes Projekt ist auf einen Durchmesser begrenzt. Wenn ein anderer Durchmesser g ...@@ -44,12 +49,13 @@ Jedes Projekt ist auf einen Durchmesser begrenzt. Wenn ein anderer Durchmesser g
Wenn der Button am Gerät grün leuchtet, kann er zum Öffnen des Geräts bedient werden. Ist er rot öffnet das Gerät nicht. Wenn der Button am Gerät grün leuchtet, kann er zum Öffnen des Geräts bedient werden. Ist er rot öffnet das Gerät nicht.
## Inbetriebnahme ## Inbetriebnahme
### Erste Schritte ### Erste Schritte
1. Den Kippschalter hinten am Gerät, dann den Kippschalter vorne am Gerät umlegen. 1. Den Kippschalter hinten am Gerät, dann den Kippschalter vorne am Gerät umlegen.
2. TMA Control Software starten nachdem Gerät eingeschaltet wurde. 2. TMA Control Software starten nachdem Gerät eingeschaltet wurde.
Die Software startet immer mit dem zuletzt bearbeiteten Projekt, sofern dieses nicht geschlossen wurde. Die Software startet immer mit dem zuletzt bearbeiteten Projekt, sofern dieses nicht geschlossen wurde.
3. Ist kein Projekt geöffnet → Projekt erstellen. 3. Ist kein Projekt geöffnet → Projekt erstellen.
4. Zum Beladen des Geräts mit Spender- und/oder Empfängerblöcken Klappe durch drücken des grünen Buttons öffnen. 4. Zum Beladen des Geräts mit Spender- und/oder Empfängerblöcken Klappe durch drücken des grünen Buttons öffnen.
Blaue/silberne Hebel nach unten drücken und Blöcke mit abgeschrägter Seite nach oben zuerst einlegen. Blaue/silberne Hebel nach unten drücken und Blöcke mit abgeschrägter Seite nach oben zuerst einlegen.
...@@ -64,26 +70,27 @@ Es können während des Betriebs laufend neue Cores definiert und hinzugefügt w ...@@ -64,26 +70,27 @@ Es können während des Betriebs laufend neue Cores definiert und hinzugefügt w
10. Zum Schluss wird ein neues Bild des TMA aufgenommen (falls nicht automatisch: **"Refresh"** um ein neues Bild aufzunehmen). 10. Zum Schluss wird ein neues Bild des TMA aufgenommen (falls nicht automatisch: **"Refresh"** um ein neues Bild aufzunehmen).
### Werkzeug wechseln ### Werkzeug wechseln
#### Bohrer wechseln #### Bohrer wechseln
<img src="../img/change_tool.png " alt="Der Tissue Micro Arrayer" width="800"> <img src="../img/change_tool.png " alt="Der Tissue Micro Arrayer" width="800">
1. Falls ein Projekt offen ist, dieses Schließen. 1. Falls ein Projekt offen ist, dieses Schließen.
2. In der Software ganz oben beim Werkzeugsymbol klicken 2. In der Software ganz oben beim Werkzeugsymbol klicken.
3. Pop-up erschient in dem der Prozess erklärt wird 3. Pop-up erschient in dem der Prozess erklärt wird.
4. Klappe über grünen Knopf öffnen 4. Klappe über grünen Knopf öffnen.
5. Linke Klappe nach oben heben (wie Motorhaube) 5. Linke Klappe nach oben heben (wie Motorhaube).
6. Stellschraube lösen 6. Stellschraube lösen.
7. Block mit Werkzeug drauf entnehmen (während der nächsten Schritte immer darauf achten, dass das Werkzeug aufrecht gehalten wird, damit der gelockerte Bohrkopf niemals auf den Boden fällt) 7. Block mit Werkzeug drauf entnehmen (während der nächsten Schritte immer darauf achten, dass das Werkzeug aufrecht gehalten wird, damit der gelockerte Bohrkopf niemals auf den Boden fällt).
8. Block mit Daumen und Mittelfinger festhalten, Zeigefinger auf Bohrerbasis drücken (Achtung: Bohrer dabei nicht verbiegen) und Schraube unten lockern 8. Block mit Daumen und Mittelfinger festhalten, Zeigefinger auf Bohrerbasis drücken (Achtung: Bohrer dabei nicht verbiegen) und Schraube unten lockern.
9. Bohrfutter entfernen und neuen einlegen 9. Bohrfutter entfernen und neuen einlegen.
10. Wieder mit dem Zeugefinger festhalten und Schraube unten festdrehen 10. Wieder mit dem Zeugefinger festhalten und Schraube unten festdrehen.
11. Block wieder einsetzen 11. Block wieder einsetzen.
12. Stellschraube (Hebel) feststellen 12. Stellschraube (Hebel) feststellen.
13. Die Leichtgängigkeit der Zahnräder überprüfen 13. Die Leichtgängigkeit der Zahnräder überprüfen.
#### Stanze wechseln #### Stanze wechseln
1.-7. siehe oben 1.-7. siehe oben
8. Hier darauf achten, dass der Durchstecker (Kolben) der von unten eingeschoben ist beim Öffnen der unteren Schraube nicht rausfällt. 8. Hier darauf achten, dass der Durchstecker (Kolben) der von unten eingeschoben ist beim Öffnen der unteren Schraube nicht rausfällt.
9. Kolben rauszuiehen und Stanzfutter abnehmen 9. Kolben rauszuiehen und Stanzfutter abnehmen
...@@ -93,18 +100,25 @@ Es können während des Betriebs laufend neue Cores definiert und hinzugefügt w ...@@ -93,18 +100,25 @@ Es können während des Betriebs laufend neue Cores definiert und hinzugefügt w
13. Die Leichtgängigkeit der Zahnräder überprüfen 13. Die Leichtgängigkeit der Zahnräder überprüfen
## Logbucheintragungen ## Logbucheintragungen
Bitte jede Benutzung im aufliegenden Formular eintragen. Bitte jede Benutzung im aufliegenden Formular eintragen.
## Reinigung ## Reinigung
### Reinigung der Werkzeuge ### Reinigung der Werkzeuge
Durch Wärme oder Wachsentfernungsmittel (wird erst noch definiert) Durch Wärme oder Wachsentfernungsmittel (wird erst noch definiert)
## Wartung ## Wartung
### Kontakt ### Kontakt
Das Gerät wird von der Fa. Sanova gewartet. Im Falle eines auftretenden Problems bitte umgehend Sabina Köfler kontaktieren. Das Gerät wird von der Fa. Sanova gewartet. Im Falle eines auftretenden Problems bitte umgehend Sabina Köfler kontaktieren.
## Troubleshooting ## Troubleshooting
## Anhang ## Anhang
### Hilfe ### Hilfe
Das komplette Handbuch auf Englisch ist direkt über die Software aufrufbar. Zudem sind Videoanleitungen zu den wichtigsten Funktionen verfügbar. Das komplette Handbuch auf Englisch ist direkt über die Software aufrufbar. Zudem sind Videoanleitungen zu den wichtigsten Funktionen verfügbar.
# Das sollte deutsch sein
das ist ein test.
# one # Tissue Research Documentation
# two Here you can find the complete documentation of the tools of the working group "Tissue Research".
## This documentation includes
* Quick Start Guide Pannoramic SCAN II:
This is an abridged version of the scanner manual.
It is intended to give you a quick introduction to the use of the scanner and covers the most important functions of the scanner.
* Quick Start Guide TMA Grand Master
This is a short version of the TMA Grand Master manual.
It is intended to give you a quick start in using the Tissue Micro Arrayer and covers the most important functions of the device.
* Get started with Git & GitLab
A Git Cheat Sheet
Translated with www.DeepL.com/Translator (free version)
\ No newline at end of file
# Learn how to use git
## check your local working directory for changes ## check your local working directory for changes
``` ```
......
# Quick Start Guide Pannoramic SCAN II
## Principle
The Pannoramic SCAN II is designed to digitise biological specimens and preparations (typically histological sections) using transmitted light.
<img src="../img/01_scanner.png" alt="The scanner" width="800"/>
The scanner can be used in two modes:
* Microscope mode (to scan individual slides).
* Planner mode (to scan whole trays or multiple trays)
### Specifications
The scanner can be used with slides and coverslips that meet the following specifications:
|| Slides | Coverglasses |
|--------------|-----------|------------|
| length |75.0 to 76.0 mm | max. 50 mm |
| Width |25.0 to 26.0 mm | max. 24 mm (recommended: 22 mm) |
|thickness |0.90 to 1.2 mm|No. 1 and No. 1.5 (0.13 to 0.16 mm and 0.16 to 0.19 mm)|
|Corners|45° bevelled corners|
|Edges|Sanded or cut|
Slides covered with foil can also be used.
Slides covered with varnish must NOT be used. This is possible in principle, but the unit would have to be readjusted. If necessary, please contact Sabina Köfler.
### General
With HE staining, the contrast is very good and hardly any manual adjustment is required.
With IHC slides the contrast is worse. These slides therefore require more manual intervention.
There are two programmes that are used:
1. Pannoramic Scanner Control Software (the software that controls the scanner).
2. Pannoramic Viewer Software (also called **SlideViewer** - for viewing and annotating the scans). SlideViewer can be installed on any private computer (download: <https://www.3dhistech.com/research/software-downloads/>).
No keyboard shortcuts can be defined in SlideViewer. There are only a few that are hard-coded. An overview can be found in the Settings under Keyboard → Overview.
![Settings](../img/settings.png "Settings")
> **Important**:
>
> Do not make any changes to the settings in the Settings.
### Preparation
When mounting the section on the slide, make sure that there is some distance to the object at the left edge, as the slide lies there in the rail and thus a part of the slide is covered by it.
## Start-up
### First steps
Scanner and PC can run independently, but the scanner must be switched on before starting the software.
1. Start the Pannoramic Scanner Control software.
2. select mode → Microscope mode/Planner mode/Settings (icons).
<img src="../img/modi_startup.png" alt="Select mode" width="300"/>
3. initialise microscope (3rd button from top left)
![Initialise](../img/initialize_new02.png "Initialise")
4. select scan profile (e.g. 20x H&E)