Der Pannoramic SCAN II wurde entwickelt, um biologische Proben und Präparate (typischerweise histologische Schnitte) mit Hilfe von Durchlicht zu digitalisieren.
* Planner Mode (um ganze Trays bzw. mehrere Trays zu scannen)
### Spezifikationen
Der Scanner kann mit Objektträger und Deckgläsern verwendet werden, die den folgenden Spezifikationen entsprechen:
Der Scanner kann mit Objektträger und Deckgläsern verwendet werden, die den folgenden Spezifikationen entsprechen:
|| Objektträger | Eindeckgläser |
|--------------|-----------|------------|
...
...
@@ -24,38 +27,43 @@ Mit Folien eingedeckte Slides können auch benutzt werden.
Mit Lack eingedeckte Slides dürfen NICHT benutzt werden. Das ist zwar grundsätzlich möglich, aber dazu müsste das Gerät neu eingestellt werden. Bei Bedarf bitte mit Sabina Köfler absprechen.
### Allgemeines
Bei HE Färbung ist der Kontrast sehr gut und es muss kaum manuell nachjustiert werden.
Bei IHC Slides ist der Kontrast schlechter. Diese Slides benötigen deshalb mehr manuellen Eingriff.
Es gibt zwei Programme, die benutzt werden:
1. Pannoramic Scanner Control Software (die Software die den Scanner steuert)
2. Pannoramic Viewer Software (auch **SlideViewer** genannt - zum Anschauen und Annotieren der Scans). Der SlideViewer kann auf jedem privaten Computer installiert werden (Download: https://www.3dhistech.com/research/software-downloads/)
2. Pannoramic Viewer Software (auch **SlideViewer** genannt - zum Anschauen und Annotieren der Scans). Der SlideViewer kann auf jedem privaten Computer installiert werden (Download: <https://www.3dhistech.com/research/software-downloads/>)
Im SlideViewer können keine Keyboard-Shortcuts definiert werden. Es gibt nur wenige, die fest codiert sind. Eine Übersicht befindet sich in den Settings unter Keyboard → Overview.
![Settings](../img/settings.png"Settings")
![Settings](../img/settings.png"Settings")
> **Wichtig**:
> **Wichtig**:
>
> In den Settings keine Veränderungen der Einstellungen vornehmen.
### Vorbereitung
Beim Aufziehen des Schnittes auf den Objektträger darauf achten, dass am linken Rand etwas Abstand zum Objekt ist, da der Objektträger dort in der Schiene liegt und dadurch ein Teil des Objektträgers von dieser verdeckt wird.
## Inbetriebnahme
### Erste Schritte
Scanner und PC können unabhängig voneinander laufen, der Scanner muss aber jedenfalls vor dem Starten der Software eingeschaltet werden.
1. Pannoramic Scanner Control Software starten
2. Modus wählen → Microscope mode/Planner mode/Settings (Symbole)
2. Modus wählen → Microscope mode/Planner mode/Settings (Symbole)
* Es kann entweder aus den vorhandenen Profilen eines ausgewählt werden, oder
* es kann das Profil eines bereits gescannten Slides verwendet werden
...
...
@@ -64,17 +72,18 @@ Scanner und PC können unabhängig voneinander laufen, der Scanner muss aber jed
5. Slide(s) laden
* Linker Schacht zum Beladen, rechter Schacht zum Entladen.
* Vor dem Einsetzen der Objektträger müssen diese auf Kompatibilität überprüft werden. Dazu mit dem Tool aus Edelstahl Höhe, Breite und Dicke (ohne Deckglas) abmessen.
* Vor dem Einsetzen der Objektträger müssen diese auf Kompatibilität überprüft werden. Dazu mit dem Tool aus Edelstahl Höhe, Breite und Dicke (ohne Deckglas) abmessen.
<imgsrc="../img/5.jpg"alt="Das Tool zum Abmessen der Slides"width="400"/>
**Alles im Grünen Bereich? OK**
* Kassette von rechts nach links beladen. Richtung der Beschriftung beachten. Seitlich am Magazin befindet sich ein Hinweis wie die Slides eingelegt werden müssen.
* Kassette von rechts nach links beladen. Richtung der Beschriftung beachten. Seitlich am Magazin befindet sich ein Hinweis wie die Slides eingelegt werden müssen.
6.Slide Control Display öffnen
6. Slide Control Display öffnen
Die Reihenfolge im SlideManager Control Display ist von links nach rechts, aber in der Kassette ist das erste Slide jenes, das sich ganz rechts befindet.
### Arbeiten im Microscope mode
Linke Seite → Menü für Scanner
Option: Scan separately (standardmäßig deaktiviert) ev. für Prostatabiopsien nötig → alle Objekte auf dem Objektträger werden einzeln durchnumeriert.
...
...
@@ -93,29 +102,29 @@ Daher ist es ratsam, eine ungerade Zahl für die Fokusebenen zu wählen.
Wenn man weiß, die dick der Schnitt ist, kann man sich die maximale Anzahl der Fokusebenen (Levels) ausrechnen:
$d$ = Dicke des Schnittes (z.B. 2 µm)
$0.2*x$ = Step size (min. 0.2 µm)
$0.2*x$ = Step size (min. 0.2 µm)
$n$ = Anzahl der möglichen Fokusebenen (Levels)
$ n = \dfrac{d}{0.2 \cdot x} $
Oder umgekehrt:
Oder umgekehrt:
Wenn man weiß wieviele Fokusebenen (n) man aufnehmen will, kann man sich den Faktor x ausrechnen mit dem man die Step size multiplizieren muss:
$ x = \dfrac{d}{n \cdot 0.2 \cdot x} $
$ x = \dfrac{d}{n \cdot 0.2 \cdot x} $
Bei 5 Fokusebenen ist der Faktor x also 2.
> **Wichtig**:
>
> **Wichtig**:
>
> Die z-Stack Option "Extended focus" kombiniert die einzelnen Bilder zu einem Gesamtbild → **Achtung: Informationsverlust**
#### Das Previewfenster
Rund um das Previewfenster gibt es einige Einstellmöglichkeiten z.B. Automatic Threshold (für die automatische Gewebeerkennung, etc.) oder für das manuelle erstellen eines Rahmens um das Gewebe das gescannt werden soll.
### Arbeiten im Planner mode
Rechts oben **+** oder **–** um einzelne Racks hinzuzufügen oder zu löschen.
Range to skip angeben (die Slots im Rack die nicht belegt sind) → mit **+** bestätigen.
Ein Scanprofil kann entweder auf **alle Racks** angewendet werden (siehe Bild roter Rahmen), auf **alle Slides eines einzelnen Racks** (siehe Bild gelber Rahmen) oder auf jedes Slide einzeln.
...
...
@@ -124,38 +133,85 @@ Ein Scanprofil kann entweder auf **alle Racks** angewendet werden (siehe Bild ro
Rechts unten im blau-türkisen Rechteck gehts zum Microscope mode.
> **Hinweis**: Ein Objektträger kann auch mehr als einmal in der Liste enthalten sein, beispielsweise wenn er mit verschiedenen Profilen gescannt werden soll.
Die fertige .csv Datei muss ohne Kopfzeile und mit Strichpunkt als Feldtrenner gespeichert werden.
Im SlideViewer können Annotationen mit unterschiedlichen Werkzeugen gemacht werden.
Diese sind ziemlich selbsterklärend, nur zur Benutzung des "Closed Polygon" Werkzeugs muss gesagt werden, dass Polygone mit einem Rechtsklick geschlossen werden können.
Annotationen können durch einen Klick auf ihr (gelbes) Label ausgewählt werden.
Annotationen können durch einen Klick auf ihr (gelbes) Label ausgewählt werden.
Beim Export von Annotationen bedenken, dass dabei nur die ausgewählte(n) Annotation(en) exportiert wird/werden. Mit Strg + A können alle ausgewählt werden.
Beim Export von Annotationen bedenken, dass dabei nur die ausgewählte(n) Annotation(en) exportiert wird/werden. Mit Strg + A können alle ausgewählt werden.
Rechts unten im Fenster gibt es die Multi View Toolbox. Damit können mehrere Slides gleichzeitig in einer geteilten Ansicht betrachtet werden.
### Arbeiten in Verbindung mit TMA Grand Master
TMA Cores können im SlideViewer annotiert werden um sie dann im TMA Grand Master als Vorlage zur Erstellung der tatsächlichen Cores zu nutzen:
→ Annotations → TMA Tools → Farbe entspricht der Farbcodierung der Bohrer
## Logbucheintragungen
Bitte jede Benutzung im aufliegenden Formular eintragen.
## Reinigung
### Reinigung der Werkzeuge
Durch Wärme oder Wachsentfernungsmittel (wird erst noch definiert)
## Wartung
### Kontakt
Das Gerät wird von der Fa. Sanova gewartet. Im Falle eines auftretenden Problems bitte umgehend Sabina Köfler kontaktieren.
## Troubleshooting
Um den Gehäusedeckel zu öffnen, die vier Schrauben am Gehäuseboden lockern.
Wenn Scanner Fehlermedung auftritt Steckverbindungen überprüfen.
## Anhang
### Hilfe
Das komplette Handbuch auf Englisch ist direkt über die Software aufrufbar.
Mit dem TMA Grand Master können einfach und schnell TMA-Blöcke aus Gewebekernen von 0.6, 1, 1.5 und 2 mm Durchmesser hergestellt werden. Optional kann das Gerät auch Gewebeproben in Standard 0.2 ml PCR-Gefäße extrahieren.
- Lege alle (max. 60) Spenderblöcke ein, markiere die Punktionspositionen und lass das Gerät dann laufen.
ODER
- Lege die Spenderblöcke kontinuierlich in die Trays ein (10 Blöcke pro Tray) und markiere die Punktionspositionen.
So können, während das Gerät die ausgewählten Blöcke bearbeitet, weitere Blöcke eingelegt und Bohrpositionen markiert werden.
> **Wichtig**:
> **Wichtig**:
>
> Da die Tür des TMAers während des Vorgangs geöffnet werden kann um neue Spenderblöcke einzusetzen, ist darauf zu achten, NIE auf diese Weise einen Empfängerblock zu entfernen (auch wenn er fertig ist), da nur die Operationen des Spenderblocks von der Software überwacht werden.
### Spezifikationen
Die Abmessungen der für den TMA Grand Master geeigneten Kunststoffkassetten sind wie folgt:
- 29 mm (B) x 41 mm (H) x 6 mm (T)
Die Paraffinblöcke können die folgenden Abmessungen haben:
- 24 mm (B) x 37 mm (H) x 7,5 mm (T - vom oberen Rand der Kassette)
...
...
@@ -35,6 +39,7 @@ Die Paraffinblöcke können die folgenden Abmessungen haben:
### Allgemeines
Es gibt zwei Programme, die benutzt werden:
1. TMA Control Software (die Software die das Gerät steuert)
2. In der Software ganz oben beim Werkzeugsymbol klicken
3. Pop-up erschient in dem der Prozess erklärt wird
4. Klappe über grünen Knopf öffnen
5. Linke Klappe nach oben heben (wie Motorhaube)
6. Stellschraube lösen
7. Block mit Werkzeug drauf entnehmen (während der nächsten Schritte immer darauf achten, dass das Werkzeug aufrecht gehalten wird, damit der gelockerte Bohrkopf niemals auf den Boden fällt)
8. Block mit Daumen und Mittelfinger festhalten, Zeigefinger auf Bohrerbasis drücken (Achtung: Bohrer dabei nicht verbiegen) und Schraube unten lockern
9. Bohrfutter entfernen und neuen einlegen
10. Wieder mit dem Zeugefinger festhalten und Schraube unten festdrehen
11. Block wieder einsetzen
12. Stellschraube (Hebel) feststellen
13. Die Leichtgängigkeit der Zahnräder überprüfen
2. In der Software ganz oben beim Werkzeugsymbol klicken.
3. Pop-up erschient in dem der Prozess erklärt wird.
4. Klappe über grünen Knopf öffnen.
5. Linke Klappe nach oben heben (wie Motorhaube).
6. Stellschraube lösen.
7. Block mit Werkzeug drauf entnehmen (während der nächsten Schritte immer darauf achten, dass das Werkzeug aufrecht gehalten wird, damit der gelockerte Bohrkopf niemals auf den Boden fällt).
8. Block mit Daumen und Mittelfinger festhalten, Zeigefinger auf Bohrerbasis drücken (Achtung: Bohrer dabei nicht verbiegen) und Schraube unten lockern.
9. Bohrfutter entfernen und neuen einlegen.
10. Wieder mit dem Zeugefinger festhalten und Schraube unten festdrehen.
11. Block wieder einsetzen.
12. Stellschraube (Hebel) feststellen.
13. Die Leichtgängigkeit der Zahnräder überprüfen.
#### Stanze wechseln
1.-7. siehe oben
8. Hier darauf achten, dass der Durchstecker (Kolben) der von unten eingeschoben ist beim Öffnen der unteren Schraube nicht rausfällt.
9. Kolben rauszuiehen und Stanzfutter abnehmen
...
...
@@ -93,18 +100,25 @@ Es können während des Betriebs laufend neue Cores definiert und hinzugefügt w
13. Die Leichtgängigkeit der Zahnräder überprüfen
## Logbucheintragungen
Bitte jede Benutzung im aufliegenden Formular eintragen.
## Reinigung
### Reinigung der Werkzeuge
Durch Wärme oder Wachsentfernungsmittel (wird erst noch definiert)
## Wartung
### Kontakt
Das Gerät wird von der Fa. Sanova gewartet. Im Falle eines auftretenden Problems bitte umgehend Sabina Köfler kontaktieren.
## Troubleshooting
## Anhang
### Hilfe
Das komplette Handbuch auf Englisch ist direkt über die Software aufrufbar. Zudem sind Videoanleitungen zu den wichtigsten Funktionen verfügbar.
* Planner mode (to scan whole trays or multiple trays)
### Specifications
The scanner can be used with slides and coverslips that meet the following specifications:
|| Slides | Coverglasses |
|--------------|-----------|------------|
| length |75.0 to 76.0 mm | max. 50 mm |
| Width |25.0 to 26.0 mm | max. 24 mm (recommended: 22 mm) |
|thickness |0.90 to 1.2 mm|No. 1 and No. 1.5 (0.13 to 0.16 mm and 0.16 to 0.19 mm)|
|Corners|45° bevelled corners|
|Edges|Sanded or cut|
Slides covered with foil can also be used.
Slides covered with varnish must NOT be used. This is possible in principle, but the unit would have to be readjusted. If necessary, please contact Sabina Köfler.
### General
With HE staining, the contrast is very good and hardly any manual adjustment is required.
With IHC slides the contrast is worse. These slides therefore require more manual intervention.
There are two programmes that are used:
1. Pannoramic Scanner Control Software (the software that controls the scanner).
2. Pannoramic Viewer Software (also called **SlideViewer** - for viewing and annotating the scans). SlideViewer can be installed on any private computer (download: <https://www.3dhistech.com/research/software-downloads/>).
No keyboard shortcuts can be defined in SlideViewer. There are only a few that are hard-coded. An overview can be found in the Settings under Keyboard → Overview.
![Settings](../img/settings.png"Settings")
> **Important**:
>
> Do not make any changes to the settings in the Settings.
### Preparation
When mounting the section on the slide, make sure that there is some distance to the object at the left edge, as the slide lies there in the rail and thus a part of the slide is covered by it.
## Start-up
### First steps
Scanner and PC can run independently, but the scanner must be switched on before starting the software.
* Left slide for loading, right slide for unloading.
* Before inserting the slides, they must be checked for compatibility. To do this, measure the height, width and thickness (without cover slip) with the stainless steel tool.
<imgsrc="../img/5.jpg"alt="The tool for measuring the slides"width="400"/>
**All in the green zone? OK**
* Load the cassette from right to left. Note the direction of the labelling. There is a note on the side of the magazine indicating how to load the slides.
6. Open the Slide Control Display
The order in the SlideManager Control Display is from left to right, but in the cassette the first slide is the one on the far right.
### Working in Microscope mode
Left side → Menu for scanner
Option: Scan separately (deactivated by default) possibly necessary for prostate biopsies → all objects on the slide are numbered individually.
After successful scanning, a link to the scan appears at the top right. Click on the link to open the scan in SlideViewer.
Step size = 0.2 µm (x value in the field) → this is the distance between the recorded levels of the z-stack.
For example, if you set 5 levels, the output level (current level) plus four (two focus levels above and below) will be captured.
Therefore, it is advisable to choose an odd number for the focus levels.
If you know the thickness of the section, you can calculate the maximum number of focus planes (levels):
$d$ = thickness of the cut (e.g. 2 µm)
$0.2*x$ = Step size (min. 0.2 µm)
$n$ = Number of possible focal planes (levels)
$ n = \dfrac{d}{0.2 \cdot x} $
Or vice versa:
If you know how many focal planes (n) you want to take, you can calculate the factor x by which you have to multiply the step size:
$ x = \dfrac{d}{n \cdot 0.2 \cdot x} $
So with 5 focus levels, the factor x is 2.
> **Important**:
>
> The z-stack option "Extended focus" combines the individual images into one overall image → **Caution: Loss of information**.
#### The preview window
Around the preview window there are several settings, e.g. Automatic Threshold (for automatic tissue detection, etc.) or for manually creating a frame around the tissue to be scanned.
### Working in Planner mode
In the upper right corner **+** or **-** to add or delete individual racks.
Specify Range to skip (the slots in the rack that are not occupied) → confirm with **+**.
A scan profile can either be applied to **all racks** (see image red frame), to **all slides of a single rack** (see image yellow frame) or to each slide individually.
![Apply profile to racks](../img/profile_to_racks.png"Apply profile to racks")
At the bottom right, in the blue-turquoise rectangle, go to Microscope mode.
#### Load your settings through a .csv file
The most convenient way to load a scan profile for a large number of slides is via a .csv document.
Simply create a document in advance with the following data:
An example document consisting of a rack with 5 slides could look like this:
|rack number (1-6)|slide position (1-25)|desired file name|barcode (optional)|profile name|illumination type (BrightField)|
