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Commit 03039e20 authored by Sabina Köfler's avatar Sabina Köfler
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...@@ -27,14 +27,14 @@ Mit Folien eingedeckte Slides können auch benutzt werden. ...@@ -27,14 +27,14 @@ Mit Folien eingedeckte Slides können auch benutzt werden.
Mit Lack eingedeckte Slides dürfen NICHT benutzt werden. Das ist zwar grundsätzlich möglich, aber dazu müsste das Gerät neu eingestellt werden. Bei Bedarf bitte mit Sabina Köfler absprechen. Mit Lack eingedeckte Slides dürfen NICHT benutzt werden. Das ist zwar grundsätzlich möglich, aber dazu müsste das Gerät neu eingestellt werden. Bei Bedarf bitte mit Sabina Köfler absprechen.
### Allgemeines ### Allgemeines
Bei HE Färbung ist der Kontrast sehr gut und es muss kaum manuell nachjustiert werde. Bei HE Färbung ist der Kontrast sehr gut und es muss kaum manuell nachjustiert werden.
Bei IHC Slides ist der Kontrast schlechter. Diese Slides benötigen deshalb mehr manuellen Eingriff. Bei IHC Slides ist der Kontrast schlechter. Diese Slides benötigen deshalb mehr manuellen Eingriff.
Es gibt zwei Programme, die benutzt werden: Es gibt zwei Programme, die benutzt werden:
1. Pannoramic Scanner control software (die Software die den Scanner steuert) 1. Pannoramic Scanner control software (die Software die den Scanner steuert)
2. Pannoramic Viewer software (auch **SlideViewer genannt** - zum Anschauen und Annotieren der Scans). Der SlideViewer kann auch jedem privaten Computer installiert werden (Download: https://www.3dhistech.com/research/software-downloads/) 2. Pannoramic Viewer software (auch **SlideViewer** genannt - zum Anschauen und Annotieren der Scans). Der SlideViewer kann auch jedem privaten Computer installiert werden (Download: https://www.3dhistech.com/research/software-downloads/)
Im SlideViewer können keine Keyboard-Shortcuts definiert werden. Es gibt nur wenige, die fest codiert sind. Eine Übersicht befindet sich in den Settings unter Keyboard -> Overview. Im SlideViewer können keine Keyboard-Shortcuts definiert werden. Es gibt nur wenige, die fest codiert sind. Eine Übersicht befindet sich in den Settings unter Keyboard → Overview.
![Settings](../img/settings.png "Settings") ![Settings](../img/settings.png "Settings")
...@@ -85,7 +85,9 @@ Option: Scan separately (standardmäßig deaktiviert) ev. für Prostatabiopsien ...@@ -85,7 +85,9 @@ Option: Scan separately (standardmäßig deaktiviert) ev. für Prostatabiopsien
Nach erfolgreichem Scannen erscheint rechts oben ein Link zum Scan. Mit Klick auf den Link wird der Scan im SlideViewer geöffnet. Nach erfolgreichem Scannen erscheint rechts oben ein Link zum Scan. Mit Klick auf den Link wird der Scan im SlideViewer geöffnet.
#### z-Stack #### z-Stack
z-Stack Option "Extended focus" kombiniert die einzelnen Bilder zu einem Gesamtbild → **Achtung: Informationsverlust**
<img src="../img/focus_levels.png" alt="z-Stack aufnehmen" width="300"/>
Step size = 0.2 µm (x Wert im Feld) → das ist der Abstand zwischen den aufgenommen Ebenen des z-Stacks. Step size = 0.2 µm (x Wert im Feld) → das ist der Abstand zwischen den aufgenommen Ebenen des z-Stacks.
Wenn du z. B. 5 Levels einstellst, werden die Ausgangsebene (aktuelle Ebene) plus vier (zwei Fokusebenen daüber und darunter) erfasst. Wenn du z. B. 5 Levels einstellst, werden die Ausgangsebene (aktuelle Ebene) plus vier (zwei Fokusebenen daüber und darunter) erfasst.
...@@ -93,9 +95,9 @@ Daher ist es ratsam, eine ungerade Zahl für die Fokusebenen zu wählen. ...@@ -93,9 +95,9 @@ Daher ist es ratsam, eine ungerade Zahl für die Fokusebenen zu wählen.
Wenn man weiß, die dick der Schnitt ist, kann man sich die maximale Anzahl der Fokusebenen (Levels) ausrechnen: Wenn man weiß, die dick der Schnitt ist, kann man sich die maximale Anzahl der Fokusebenen (Levels) ausrechnen:
d = Dicke des Schnittes (z.B. 2 µm) $d$ = Dicke des Schnittes (z.B. 2 µm)
$0.2*x$ = Step size (min. 0.2 µm) $0.2*x$ = Step size (min. 0.2 µm)
n = Anzahl der möglichen Fokusebenen (Levels) $n$ = Anzahl der möglichen Fokusebenen (Levels)
$ n = \frac{d}{0.2 \cdot x} $ $ n = \frac{d}{0.2 \cdot x} $
...@@ -107,6 +109,11 @@ $ x = \frac{d}{n \cdot 0.2 \cdot x} $ ...@@ -107,6 +109,11 @@ $ x = \frac{d}{n \cdot 0.2 \cdot x} $
Bei 5 Fokusebenen ist der Faktor x also 2. Bei 5 Fokusebenen ist der Faktor x also 2.
> **Wichtig**:
>
> Die z-Stack Option "Extended focus" kombiniert die einzelnen Bilder zu einem Gesamtbild → **Achtung: Informationsverlust**
#### Das Previewfenster #### Das Previewfenster
Rund um das Previewfenster gibt es einige Einstellmöglichkeiten z.B. Automatic Threshold (für die automatische Gewebeerkennung, etc.) oder für das manuelle erstellen eines Rahmens um das Gewebe das gescannt werden soll. Rund um das Previewfenster gibt es einige Einstellmöglichkeiten z.B. Automatic Threshold (für die automatische Gewebeerkennung, etc.) oder für das manuelle erstellen eines Rahmens um das Gewebe das gescannt werden soll.
...@@ -114,13 +121,9 @@ Rund um das Previewfenster gibt es einige Einstellmöglichkeiten z.B. Automatic ...@@ -114,13 +121,9 @@ Rund um das Previewfenster gibt es einige Einstellmöglichkeiten z.B. Automatic
### Arbeiten im Planner mode ### Arbeiten im Planner mode
Rechts oben **+** oder **–** um einzelne Racks hinzuzufügen oder zu löschen. Rechts oben **+** oder **–** um einzelne Racks hinzuzufügen oder zu löschen.
Range to skip angeben (die Slots im Rack die nicht belegt sind) → mit **+** bestätigen. Range to skip angeben (die Slots im Rack die nicht belegt sind) → mit **+** bestätigen.
Ein Scanprofil kann entweder auf alle Racks angewendet werden (siehe Bild roter Rahmen), auf alle Slides eines einzelnen Racks (siehe Bild gelber Rahmen) oder auf jedes Slide einzeln. Ein Scanprofil kann entweder auf **alle Racks** angewendet werden (siehe Bild roter Rahmen), auf **alle Slides eines einzelnen Racks** (siehe Bild gelber Rahmen) oder auf jedes Slide einzeln.
![Profil auf alle Racks anwenden](../img/profile_all_racks.png "Profil auf alle Racks anwenden")
![Profil auf einzelnes Rack anwenden](../img/profile_single_racks.png "Profil auf einzelnes Rack anwenden")
![Profil auf Racks anwenden](../img/profile_to_racks.png "Profil auf Racks anwenden")
Rechts unten im blau-türkisen Rechteck gehts zum Microscope mode. Rechts unten im blau-türkisen Rechteck gehts zum Microscope mode.
...@@ -158,7 +161,4 @@ Wenn Scanner Fehlermedung auftritt Steckverbindungen überprüfen. ...@@ -158,7 +161,4 @@ Wenn Scanner Fehlermedung auftritt Steckverbindungen überprüfen.
## Anhang ## Anhang
### Hilfe ### Hilfe
Das komplette Handbuch auf Englisch ist direkt über die Software aufrufbar. Das komplette Handbuch auf Englisch ist direkt über die Software aufrufbar.
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