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% Options for packages loaded elsewhere
\PassOptionsToPackage{unicode}{hyperref}
\PassOptionsToPackage{hyphens}{url}
%
\documentclass[
]{article}
\usepackage{amsmath,amssymb}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{iftex}
\ifPDFTeX
  \usepackage[T1]{fontenc}
  \usepackage[utf8]{inputenc}
  \usepackage{textcomp} % provide euro and other symbols
\else % if luatex or xetex
  \usepackage{unicode-math}
  \defaultfontfeatures{Scale=MatchLowercase}
  \defaultfontfeatures[\rmfamily]{Ligatures=TeX,Scale=1}
\fi
% Use upquote if available, for straight quotes in verbatim environments
\IfFileExists{upquote.sty}{\usepackage{upquote}}{}
\IfFileExists{microtype.sty}{% use microtype if available
  \usepackage[]{microtype}
  \UseMicrotypeSet[protrusion]{basicmath} % disable protrusion for tt fonts
}{}
\makeatletter
\@ifundefined{KOMAClassName}{% if non-KOMA class
  \IfFileExists{parskip.sty}{%
    \usepackage{parskip}
  }{% else
    \setlength{\parindent}{0pt}
    \setlength{\parskip}{6pt plus 2pt minus 1pt}}
}{% if KOMA class
  \KOMAoptions{parskip=half}}
\makeatother
\usepackage{xcolor}
\IfFileExists{xurl.sty}{\usepackage{xurl}}{} % add URL line breaks if available
\IfFileExists{bookmark.sty}{\usepackage{bookmark}}{\usepackage{hyperref}}
\hypersetup{
  hidelinks,
  pdfcreator={LaTeX via pandoc}}
\urlstyle{same} % disable monospaced font for URLs
\usepackage{longtable,booktabs,array}
\usepackage{calc} % for calculating minipage widths
% Correct order of tables after \paragraph or \subparagraph
\usepackage{etoolbox}
\makeatletter
\patchcmd\longtable{\par}{\if@noskipsec\mbox{}\fi\par}{}{}
\makeatother
% Allow footnotes in longtable head/foot
\IfFileExists{footnotehyper.sty}{\usepackage{footnotehyper}}{\usepackage{footnote}}
\makesavenoteenv{longtable}
\usepackage{graphicx}
\makeatletter
\def\maxwidth{\ifdim\Gin@nat@width>\linewidth\linewidth\else\Gin@nat@width\fi}
\def\maxheight{\ifdim\Gin@nat@height>\textheight\textheight\else\Gin@nat@height\fi}
\makeatother
% Scale images if necessary, so that they will not overflow the page
% margins by default, and it is still possible to overwrite the defaults
% using explicit options in \includegraphics[width, height, ...]{}
\setkeys{Gin}{width=\maxwidth,height=\maxheight,keepaspectratio}
% Set default figure placement to htbp
\makeatletter
\def\fps@figure{htbp}
\makeatother
\setlength{\emergencystretch}{3em} % prevent overfull lines
\providecommand{\tightlist}{%
  \setlength{\itemsep}{0pt}\setlength{\parskip}{0pt}}
\setcounter{secnumdepth}{-\maxdimen} % remove section numbering
\ifLuaTeX
  \usepackage{selnolig}  % disable illegal ligatures
\fi

\author{}
\date{}

\begin{document}

\hypertarget{quick-start-guide-pannoramic-scan-ii}{%
\section{Quick Start Guide Pannoramic SCAN
II}\label{quick-start-guide-pannoramic-scan-ii}}

\hypertarget{inhalt}{%
\subsection{Inhalt}\label{inhalt}}

{[}{[}\emph{TOC}{]}{]}

\hypertarget{prinzip}{%
\subsection{Prinzip}\label{prinzip}}

Das Pannoramic SCAN II wurde entwickelt, um biologische Proben und
Präparate (typischerweise histologische Schnitte) mit Hilfe von
Durchlicht zu digitalisieren.

\begin{figure}
\centering
\includegraphics{img/8.jpg}
\caption{Alt text}
\end{figure}

Der Scanner kann in zwei Modi verwendet werden: * Microscope mode (um
einzelne Slides zu scannen) * Planner Mode (um ganze Trays bzw. mehrere
Trays zu scannen)

\hypertarget{spezifikationen}{%
\subsubsection{Spezifikationen}\label{spezifikationen}}

Der Scanner kann mit Objektträger und Deckgläsern verwenden, die den
folgenden Spezifikationen entsprechen:

\begin{longtable}[]{@{}
  >{\raggedright\arraybackslash}p{(\columnwidth - 4\tabcolsep) * \real{0.3784}}
  >{\raggedright\arraybackslash}p{(\columnwidth - 4\tabcolsep) * \real{0.2973}}
  >{\raggedright\arraybackslash}p{(\columnwidth - 4\tabcolsep) * \real{0.3243}}@{}}
\toprule
\begin{minipage}[b]{\linewidth}\raggedright
\end{minipage} & \begin{minipage}[b]{\linewidth}\raggedright
Objektträger
\end{minipage} & \begin{minipage}[b]{\linewidth}\raggedright
Eindeckgläser
\end{minipage} \\
\midrule
\endhead
Länge & 75,0 bis 76,0 mm & max. 50 mm \\
Breite & 25,0 bis 26,0 mm & max. 24 mm (empfohlen: 22 mm) \\
Dicke & 0,90 bis 1,2 mm & Nr. 1 und Nr. 1,5 (0,13 bis 0,16 mm und 0,16
bis 0,19 mm) \\
Ecken & 45° abgeschrägte Ecken & \\
Kanten & Geschliffen oder geschnitten & \\
\bottomrule
\end{longtable}

Mit Folien eingedeckte Slides können auch benutzt werden.

Mit Lack eingedeckte Slides dürfen NICHT benutzt werden. Das ist zwar
grundsätzlich möglich, aber dazu müsste das Gerät neu eingestellt
werden. Bei Bedarf bitte mit Sabina Köfler absprechen.

\hypertarget{allgemeines}{%
\subsubsection{Allgemeines}\label{allgemeines}}

Bei HE Färbung ist der Kontrast sehr gut und es muss kaum manuell
nachjustiert werde.

Bei IHC Slides ist der Kontrast schlechter. Diese Slides benötigen
deshalb mehr manuellen Eingriff.

\hypertarget{vorbereitung}{%
\subsubsection{Vorbereitung}\label{vorbereitung}}

Beim Aufziehen des Schnittes auf den Objektträger darauf achten, dass am
linken Rand etwas Abstand zum Objekt ist, da der Objektträger dort in
der Schiene liegt und dadurch ein Teil des Objektträgers von dieser
verdeckt wird.

\hypertarget{inbetriebnahme}{%
\subsection{Inbetriebnahme}\label{inbetriebnahme}}

\hypertarget{erste-schritte}{%
\subsubsection{Erste Schritte}\label{erste-schritte}}

Scanner und PC können unabhängig voneinander laufen, der Scanner muss
aber jedenfalls vor dem Starten der Software eingeschaltet werden. 1.
Software starten 2. Modus wählen → Microscope mode/Planner mode/Settings
(Symbole) \includegraphics{img/modi_startup.png} 3. Mikroskop
initialisieren (3 Button von oben links)
\includegraphics{img/initialisieren.png} 4. Scanprofil wählen (z.B. 20x
H\&E)

Linker Schacht zum Beladen, rechter Schacht zum Entladen. Vor dem
Einsetzen der Objektträger müssen diese auf Kompatibilität überprüft
werden. Dazu mit dem Tool aus Edelstahl Höhe, Breite und Dicke (ohne
Deckglas) abmessen. \includegraphics{img/5.jpg} \textbf{Alles im Grünen
Bereich? OK}

Kassette von rechts nach links beladen. Richtung der Beschriftung
beachten. Die Reihenfolge im SlideManager Control Display ist von links
nach rechts, aber in der Kassette ist das erste Slide jenes, das sich
ganz rechts befindet.

Nach erfolgreichem Scannen wird im SlideViewer angeschaut.

\hypertarget{arbeiten-im-microscope-mode}{%
\subsubsection{Arbeiten im Microscope
mode}\label{arbeiten-im-microscope-mode}}

Linke Seite → Menü für Scanner z-Stack Option (Extended focus kombiniert
die einzelnen Bilder zu einem Gesamtbild → Achtung: Informationsverlust)

Step size = 0.2 µm (x Wert im Feld) → das ist der Abstand zwischen den
aufgenommen Ebenen des z-Stacks

Rund um Preview gibt es einige Einstellmöglichkeiten z.B. Automatic
Threshold (um Gewebe zu erkennen, etc.) oder Rahmen um das Gewebe herum
das mitgescannt wird

Option: Scan separately (standardmäßig deaktiviert) ev. Für
Prostatabiopsien nötig → alle Objekte auf dem Objektträger werden
einzeln durchnumeriert

\hypertarget{arbeiten-im-planner-mode}{%
\subsubsection{Arbeiten im Planner
mode}\label{arbeiten-im-planner-mode}}

Rechts oben \textbf{+} oder \textbf{--} um einzelne Racks hinzuzufügen
oder zu löschen.

Range to skip angeben (die Slots im Rack die nicht belegt sind) → mit
\textbf{+} bestätigen.

Rechts unten im blau-türkisen Rechteck gehts zum Microscope mode.

Multi View Toolbox

\hypertarget{arbeiten-in-verbindung-mit-tma-grand-master}{%
\subsubsection{Arbeiten in Verbindung mit TMA Grand
Master}\label{arbeiten-in-verbindung-mit-tma-grand-master}}

Im SlideViewer annotieren: → Annotations → TMA Tools → Farbe entspricht
der Farbcodierung der Bohrer

\hypertarget{logbucheintragungen}{%
\subsection{Logbucheintragungen}\label{logbucheintragungen}}

Bitte jede Benutzung im aufliegenden Formular eintragen.

\hypertarget{reinigung}{%
\subsection{Reinigung}\label{reinigung}}

\hypertarget{reinigung-der-werkzeuge}{%
\subsubsection{Reinigung der Werkzeuge}\label{reinigung-der-werkzeuge}}

Durch Wärme oder Wachsentfernungsmittel (wird erst noch definiert)

\hypertarget{wartung}{%
\subsection{Wartung}\label{wartung}}

\hypertarget{kontakt}{%
\subsubsection{Kontakt}\label{kontakt}}

Das Gerät wird von der Fa. Sanova gewartet. Im Falle eines auftretenden
Problems bitte umgehend Sabina Köfler kontaktieren.

\hypertarget{troubleshooting}{%
\subsection{Troubleshooting}\label{troubleshooting}}

Um den Gehäusedeckel zu öffnen, die vier Schrauben am Gehäuseboden
lockern. Wenn Scanner Fehlermedung auftritt Steckverbindungen
überprüfen.

\hypertarget{anhang}{%
\subsection{Anhang}\label{anhang}}

\hypertarget{hilfe}{%
\subsubsection{Hilfe}\label{hilfe}}

Das komplette Handbuch auf Englisch ist direkt über die Software
aufrufbar.

Profile können erstellt werden um Objektiv auszuwählen und
Voreinstellungen zu speichern. 7 Layer werden in der MRXS Datei
gespeichert.

\end{document}