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# Quick Start Guide Pannoramic SCAN II

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## Inhalt
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## Prinzip
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Das Pannoramic SCAN II wurde entwickelt, um biologische Proben und Präparate (typischerweise histologische Schnitte) mit Hilfe von Durchlicht zu digitalisieren.

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![Alt text](img/8.jpg "Der Scanner")
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Der Scanner kann in zwei Modi verwendet werden:
* Microscope mode (um einzelne Slides zu scannen)
* Planner Mode (um ganze Trays bzw. mehrere Trays zu scannen)
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### Spezifikationen
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Der Scanner kann mit Objektträger und Deckgläsern verwenden, die den folgenden Spezifikationen entsprechen: 

|| Objektträger | Eindeckgläser |
|--------------|-----------|------------|
| Länge |75,0 bis 76,0 mm | max. 50 mm    |
| Breite      | 25,0 bis 26,0 mm  | max. 24 mm (empfohlen: 22 mm)       |
| Dicke |0,90 bis 1,2 mm|Nr. 1 und Nr. 1,5 (0,13 bis 0,16 mm und 0,16 bis 0,19 mm)|
|Ecken|45° abgeschrägte Ecken|
|Kanten|Geschliffen oder geschnitten|
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Mit Folien eingedeckte Slides können auch benutzt werden.

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Mit Lack eingedeckte Slides dürfen NICHT benutzt werden. Das ist zwar grundsätzlich möglich, aber dazu müsste das Gerät neu eingestellt werden. Bei Bedarf bitte mit Sabina Köfler absprechen.
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### Allgemeines
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Bei HE Färbung ist der Kontrast sehr gut und es muss kaum manuell nachjustiert werde.
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Bei IHC Slides ist der Kontrast schlechter. Diese Slides benötigen deshalb mehr manuellen Eingriff.
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### Vorbereitung
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Beim Aufziehen des Schnittes auf den Objektträger darauf achten, dass am linken Rand etwas Abstand zum Objekt ist, da  der Objektträger dort in der Schiene liegt und dadurch ein Teil des Objektträgers von dieser verdeckt wird.

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## Inbetriebnahme
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### Erste Schritte
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Scanner und PC können unabhängig voneinander laufen, der Scanner muss aber jedenfalls vor dem Starten der Software eingeschaltet werden.
1. Software starten
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2. Modus wählen → Microscope mode/Planner mode/Settings (Symbole Fig.)
![Alt text](img/modi_startup.png "Modus wählen")
3. Mikroskop initialisieren (3 Button von oben links)
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![Alt text](img/initialisieren.png "Initialisieren")
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4. Scanprofil wählen (z.B. 20x H&E)

Linker Schacht zum Beladen, rechter Schacht zum Entladen.
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Vor dem Einsetzen der Objektträger müssen diese auf Kompatibilität überprüft werden. Dazu mit dem Tool aus Edelstahl Höhe, Breite und Dicke (ohne Deckglas) abmessen. 
![Alt text](img/5.jpg "Das Tool zum Abmessen der Slides")
**Alles im Grünen Bereich? OK**

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Kassette von rechts nach links beladen. Richtung der Beschriftung beachten.
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Die Reihenfolge im SlideManager Control Display ist von links nach rechts, aber in der Kassette ist das erste Slide jenes, das sich ganz rechts befindet.

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Nach erfolgreichem Scannen wird im SlideViewer angeschaut.

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### Arbeiten im Microscope mode
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Linke Seite → Menü für Scanner
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z-Stack Option (Extended focus kombiniert die einzelnen Bilder zu einem Gesamtbild →  Achtung: Informationsverlust)

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Step size = 0.2 µm (x Wert im Feld) → das ist der Abstand zwischen den aufgenommen Ebenen des z-Stacks

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Rund um Preview gibt es einige Einstellmöglichkeiten z.B. Automatic Threshold (um Gewebe zu erkennen, etc.) oder Rahmen um das Gewebe herum das mitgescannt wird
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Option: Scan separately (standardmäßig deaktiviert) ev. Für Prostatabiopsien nötig → alle Objekte auf dem Objektträger werden einzeln durchnumeriert

### Arbeiten im Planner mode
Rechts oben **+** oder **–** um einzelne Racks hinzuzufügen oder zu löschen
Range to skip (die Slots im Rack die nicht belegt sind) mit **+** bestätigen
Rechts unten im blauen/türkisen Rechteck gehts zum Microscope mode
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Multi View Toolbox

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### Arbeiten in Verbindung mit TMA Grand Master
Im SlideViewer annotieren:
→ Annotations → TMA Tools → Farbe entspricht der Farbcodierung der Bohrer
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## Logbucheintragungen
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Bitte jede Benutzung im aufliegenden Formular eintragen.

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## Reinigung
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### Reinigung der Werkzeuge
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Durch Wärme oder Wachsentfernungsmittel (wird erst noch definiert)

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## Wartung
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### Kontakt
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Das Gerät wird von der Fa. Sanova gewartet. Im Falle eines auftretenden Problems bitte umgehend Sabina Köfler kontaktieren.

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## Troubleshooting
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Um den Gehäusedeckel zu öffnen, die vier Schrauben am Gehäuseboden lockern.
Wenn Scanner Fehlermedung auftritt Steckverbindungen überprüfen.

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## Anhang
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### Hilfe
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Das komplette Handbuch auf Englisch ist direkt über die Software aufrufbar.

Profile können erstellt werden um Objektiv auszuwählen und Voreinstellungen zu speichern.
7 Layer werden in der MRXS Datei gespeichert.