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# Quick Start Guide Pannoramic SCAN II
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## Prinzip
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Der Pannoramic SCAN II wurde entwickelt, um biologische Proben und Präparate (typischerweise histologische Schnitte) mit Hilfe von Durchlicht zu digitalisieren.
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<img src="../img/8.jpg" alt="Der Scanner" width="800"/>
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Der Scanner kann in zwei Modi verwendet werden:
* Microscope mode (um einzelne Slides zu scannen)
* Planner Mode (um ganze Trays bzw. mehrere Trays zu scannen)
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### Spezifikationen
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Der Scanner kann mit Objektträger und Deckgläsern verwendet werden, die den folgenden Spezifikationen entsprechen: 
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|| Objektträger | Eindeckgläser |
|--------------|-----------|------------|
| Länge |75,0 bis 76,0 mm | max. 50 mm    |
| Breite      | 25,0 bis 26,0 mm  | max. 24 mm (empfohlen: 22 mm)       |
| Dicke |0,90 bis 1,2 mm|Nr. 1 und Nr. 1,5 (0,13 bis 0,16 mm und 0,16 bis 0,19 mm)|
|Ecken|45° abgeschrägte Ecken|
|Kanten|Geschliffen oder geschnitten|
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Mit Folien eingedeckte Slides können auch benutzt werden.  
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Mit Lack eingedeckte Slides dürfen NICHT benutzt werden. Das ist zwar grundsätzlich möglich, aber dazu müsste das Gerät neu eingestellt werden. Bei Bedarf bitte mit Sabina Köfler absprechen.
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### Allgemeines
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Bei HE Färbung ist der Kontrast sehr gut und es muss kaum manuell nachjustiert werden.  
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Bei IHC Slides ist der Kontrast schlechter. Diese Slides benötigen deshalb mehr manuellen Eingriff.
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Es gibt zwei Programme, die benutzt werden:
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1. Pannoramic Scanner Control Software (die Software die den Scanner steuert)
2. Pannoramic Viewer Software (auch **SlideViewer** genannt - zum Anschauen und Annotieren der Scans). Der SlideViewer kann auf jedem privaten Computer installiert werden (Download: https://www.3dhistech.com/research/software-downloads/)
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Im SlideViewer können keine Keyboard-Shortcuts definiert werden. Es gibt nur wenige, die fest codiert sind. Eine Übersicht befindet sich in den Settings unter Keyboard → Overview.
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![Settings](../img/settings.png "Settings") 

> **Wichtig**: 
>
> In den Settings keine Veränderungen der Einstellungen vornehmen.

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### Vorbereitung
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Beim Aufziehen des Schnittes auf den Objektträger darauf achten, dass am linken Rand etwas Abstand zum Objekt ist, da der Objektträger dort in der Schiene liegt und dadurch ein Teil des Objektträgers von dieser verdeckt wird.
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## Inbetriebnahme
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### Erste Schritte
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Scanner und PC können unabhängig voneinander laufen, der Scanner muss aber jedenfalls vor dem Starten der Software eingeschaltet werden.
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1. Pannoramic Scanner Control Software starten
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2. Modus wählen → Microscope mode/Planner mode/Settings (Symbole) 
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    <img src="../img/modi_startup.png" alt="Modus wählen" width="300"/>
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3. Mikroskop initialisieren (3. Button von oben links)
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    ![Initialisieren](../img/initialize_new02.png "Initialisieren") 
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4. Scanprofil wählen (z.B. 20x H&E) 
    * Es kann entweder aus den vorhandenen Profilen eines ausgewählt werden, oder
    * es kann das Profil eines bereits gescannten Slides verwendet werden

    ![Profil öffnen](../img/open_profile.png "Profil öffnen")
    ![Profil auswählen](../img/open_profile02.png "Profil auswählen")

5. Slide(s) laden
    * Linker Schacht zum Beladen, rechter Schacht zum Entladen.
    * Vor dem Einsetzen der Objektträger müssen diese auf Kompatibilität überprüft werden. Dazu mit dem Tool aus Edelstahl Höhe, Breite und Dicke (ohne Deckglas) abmessen. 
    <img src="../img/5.jpg" alt="Das Tool zum Abmessen der Slides" width="400"/>
    **Alles im Grünen Bereich? OK**
    * Kassette von rechts nach links beladen. Richtung der Beschriftung beachten. Seitlich am Magazin befindet sich ein Hinweis wie die Slides eingelegt werden müssen. 
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6.  Slide Control Display öffnen

    ![Slide Control Display öffnen](../img/slide_control.png "Slide Control Display öffnen")
    Die Reihenfolge im SlideManager Control Display ist von links nach rechts, aber in der Kassette ist das erste Slide jenes, das sich ganz rechts befindet.
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### Arbeiten im Microscope mode
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Linke Seite → Menü für Scanner
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Option: Scan separately (standardmäßig deaktiviert) ev. für Prostatabiopsien nötig → alle Objekte auf dem Objektträger werden einzeln durchnumeriert.
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Nach erfolgreichem Scannen erscheint rechts oben ein Link zum Scan. Mit Klick auf den Link wird der Scan im SlideViewer geöffnet.
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#### z-Stack
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<img src="../img/focus_levels.png" alt="z-Stack aufnehmen" width="300"/>

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Step size = 0.2 µm (x Wert im Feld) → das ist der Abstand zwischen den aufgenommen Ebenen des z-Stacks.  
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Wenn du z. B. 5 Levels einstellst, werden die Ausgangsebene (aktuelle Ebene) plus vier (zwei Fokusebenen daüber und darunter) erfasst.  
Daher ist es ratsam, eine ungerade Zahl für die Fokusebenen zu wählen.

Wenn man weiß, die dick der Schnitt ist, kann man sich die maximale Anzahl der Fokusebenen (Levels) ausrechnen:

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$d$ = Dicke des Schnittes (z.B. 2 µm)  
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$0.2*x$ = Step size (min. 0.2 µm)   
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$n$ = Anzahl der möglichen Fokusebenen (Levels)
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$ n = \frac{d}{0.2 \cdot x} $

Oder umgekehrt: 

Wenn man weiß wieviele Fokusebenen (n) man aufnehmen will, kann man sich den Faktor x ausrechnen mit dem man die Step size multiplizieren muss:

$ x = \frac{d}{n \cdot 0.2 \cdot x} $ 
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Bei 5 Fokusebenen ist der Faktor x also 2.

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> **Wichtig**: 
> 
> Die z-Stack Option "Extended focus" kombiniert die einzelnen Bilder zu einem Gesamtbild → **Achtung: Informationsverlust**  


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#### Das Previewfenster
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Rund um das Previewfenster gibt es einige Einstellmöglichkeiten z.B. Automatic Threshold (für die automatische Gewebeerkennung, etc.) oder für das manuelle erstellen eines Rahmens um das Gewebe das gescannt werden soll.
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### Arbeiten im Planner mode
Rechts oben **+** oder **–** um einzelne Racks hinzuzufügen oder zu löschen.  
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Range to skip angeben (die Slots im Rack die nicht belegt sind) → mit **+** bestätigen.  
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Ein Scanprofil kann entweder auf **alle Racks** angewendet werden (siehe Bild roter Rahmen), auf **alle Slides eines einzelnen Racks** (siehe Bild gelber Rahmen) oder auf jedes Slide einzeln.
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![Profil auf Racks anwenden](../img/profile_to_racks.png "Profil auf Racks anwenden")
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Rechts unten im blau-türkisen Rechteck gehts zum Microscope mode.
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### Arbeiten im SlideViewer
Im SlideViewer können Annotationen mit unterschiedlichen Werkzeugen gemacht werden.  
Diese sind ziemlich selbsterklärend, nur zur Benutzung des "Closed Polygon" Werkzeugs muss gesagt werden, dass Polygone mit einem Rechtsklick geschlossen werden können.

Annotationen können durch einen Klick auf ihr (gelbes) Label ausgewählt werden. 

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Beim Export von Annotationen bedenken, dass dabei nur die ausgewählte(n) Annotation(en) exportiert wird/werden. Mit Strg + A können alle ausgewählt werden. 

Rechts unten im Fenster gibt es die Multi View Toolbox. Damit können mehrere Slides gleichzeitig in einer geteilten Ansicht betrachtet werden.
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### Arbeiten in Verbindung mit TMA Grand Master
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TMA Cores können im SlideViewer annotiert werden um sie dann im TMA Grand Master als Vorlage zur Erstellung der tatsächlichen Cores zu nutzen:
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→ Annotations → TMA Tools → Farbe entspricht der Farbcodierung der Bohrer
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## Logbucheintragungen
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Bitte jede Benutzung im aufliegenden Formular eintragen.

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## Reinigung
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### Reinigung der Werkzeuge
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Durch Wärme oder Wachsentfernungsmittel (wird erst noch definiert)

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## Wartung
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### Kontakt
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Das Gerät wird von der Fa. Sanova gewartet. Im Falle eines auftretenden Problems bitte umgehend Sabina Köfler kontaktieren.

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## Troubleshooting
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Um den Gehäusedeckel zu öffnen, die vier Schrauben am Gehäuseboden lockern.
Wenn Scanner Fehlermedung auftritt Steckverbindungen überprüfen.

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## Anhang
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### Hilfe
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Das komplette Handbuch auf Englisch ist direkt über die Software aufrufbar.